samtools mpileup [options] in1.bam [in2.bam [...]] samtools mpileup -f genome.fasta example.bam > example.txt samtools mpileup -gSDf genome.fasta example.bam > example.bcf 该命令用于生成bcf文件,再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。 mpileup不使用-u或-g参数时,不生成二进制的bcf文件,而生成一...
@SQ SN:chr3 LN:198022430 M5:fdfd811849cc2fadebc929bb925902e5 UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa AS:/data/ck/samtool/fasta/hg19.dict @SQ SN:chr4 LN:191154276 M5:23dccd106897542ad87d2765d28a19a1 UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa AS:/data/ck/samtool/fasta/hg19....
该文件中包含序列的id和长度-TFile 使用序列fasta文件作为header的输入-o File 将结果输入到文件中,默认输出到标准输出-fINT比对结果中必须要包含的flag,相当于一个过滤条件-FINT比对结果中不能包含的flag,数字4代表该序列没有比对到参考序列上,数字8代表该序列的mate序列没有比对到参考序列上-qINT允许的最小比对质...
fill-from-fasta.c fill-from-fasta.mk fill-tags.c fixploidy.c fixploidy.mk fixref.c frameshifts.c guess-ploidy.c gvcfz.c impute-info.c indel-stats.c isecGT.c isecGT.mk mendelian2.c missing2ref.c parental-origin.c prune.c remove-overlaps.c scatter.c setGT.c smpl-stats.c spl...
{"fasta-ref",required_argument,NULL,'f'}, {"no-version",no_argument,NULL,10}, {"keep-duplicates",no_argument,NULL,12}, {"write-index",optional_argument,NULL,16}, {"write-index",optional_argument,NULL,'W'}, {NULL,0,NULL,0} }; char *tmp; while ((c = getopt_long(argc, argv...
# 根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 具体例子: 2.samtools sort samtools sort用来对SAM/BAM/CRAM文件进行排序,按最左坐标排序,或使用-n时按读取名称排序。默认情况下,排序后的输出被写到标准输出,或者在使用-o时写到...
#根据fasta文件,将header加入到sam或者bam文件中 $ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.bam > scaffold1.h.sam 2. sort sort用来对bam文件进行排序 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> Options: -m 设置运行内存大小,默认是500,000,000(即500M,支持K/M/G缩...
sample=`basename ${i} | awk -F "." '{print $1 }'` bcftools mpileup \ --regions-file ${bed} \ --fasta-ref ${ref} \ $i \ | bcftools call \ -cv \ -o ${sample}.bcftools.consensus-caller.raw.vcf #chr6-12.bed #6 0 1124234324 ...
-nSortby read name#设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点排序。-mINTSetmaximum memory per thread;suffix K/M/Grecognized[768M]# 设置每个线程的最大内存,单位可以是K/M/G,默认是 768M。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以...