samtools mpileup [options] in1.bam [in2.bam [...]] samtools mpileup -f genome.fasta example.bam > example.txt samtools mpileup -gSDf genome.fasta example.bam > example.bcf 该命令用于生成bcf文件,再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。 mpileup不使用-u或-g参数时,不生成二进制的bcf文件,而生成一...
@SQ SN:chr3 LN:198022430 M5:fdfd811849cc2fadebc929bb925902e5 UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa AS:/data/ck/samtool/fasta/hg19.dict @SQ SN:chr4 LN:191154276 M5:23dccd106897542ad87d2765d28a19a1 UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa AS:/data/ck/samtool/fasta/hg19....
Could you go to the work directory of the merge_transcriptomes and if its small enough perhaps zip up and send the final_non_redundant_transcriptome.fasta and if possible also the gtf file from that directory? Just to check it looks sensible?Author...
samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000$gt; scaffold1_30k-100k.sam # 根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 具体例子: 2.samtools sort samtools sort用来对SAM/BAM/CRAM文件进行排序,按最左坐标排序,或使用-n时...
f4a.bam>a.f4.bam#提取bam文件比对到scaffold1上的比对结果,并保存成sam文件格式#提取目的区域的比对结果前需先对bam文件进行排序$ samtools view a.bam scaffold1>scaffold1.sam#提取scaffold1上比对到30k到40k区域的比对结果$ samtools view a.bam scaffold1:30000-40000>scaffold_30k_40K.sam#根据fasta文件,将...
samtools faidx创建fasta格式文件索引fai fa文件的索引为fai结尾的文件,可以使用samtools faidx命令创建,具体用法如下: #samtools faidx input_ref.fa samtools faidx GRCm38.p5 5.9K60 生物信息学必备工具—SAMtools 工欲善其事必先利其器 1Samtools Samtools 同样是由李恒博士开发的一套与高通量测序数据交互的程序。
Summary Allocation size too big during extend_ref during parsing of a crafted SAM/FASTA file pair. If this error is ignored, it leads to an invalid memory access during cram_add_to_ref. Environment Built using LLVM 14 with ASAN on Ubuntu...
#根据fasta文件,将header加入到sam或者bam文件中 $ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.bam > scaffold1.h.sam 2. sort sort用来对bam文件进行排序 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> Options: -m 设置运行内存大小,默认是500,000,000(即500M,支持K/M/G缩...
# 根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 具体例子: 2.samtools sort samtools sort用来对SAM/BAM/CRAM文件进行排序,按最左坐标排序,或使用-n时按读取名称排序。默认情况下,排序后的输出被写到标准输出,或者在使用-o时写到...
samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 具体例子: 2.samtools sort samtools sort用来对SAM/BAM/CRAM文件进行排序,按最左坐标排序,或使用-n时按读取名称排序。默认情况下,排序后的输出被写到标准输出,或者在使用-o时写到指定的文件(out.bam)。此命令还将创建临时文件tmpprefixv...