融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage:samtools merge[-nr][-h inh.sam]<out.bam><in1.bam><in2.bam>[...]Options:-n sort by read names-r attachRGtag(inferredfromfile names)#@RG,比对上的序列(read)说明-u uncompressedBAMoutput-f overwrite the outputBAMifexist-1compress level1-RS...
samtools view -bF 4 test.bam > test.F.bam 提取没有比对到参考基因组上的数据 samtools view -bf 4 test.bam > test.f.bam 双端reads都比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 12 test.bam > test.12.bam 单端reads1比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 4 -f 8test .bam > test1...
samtools view -bF 4 test.bam >test.F.bam -F 数字4代表该序列没有比对到参考序列上 数字8代表该序列的mate序列没有比对到参考序列上 比对到反向互补链的reads 基本用法: samtools view -f 16 test.bam|head -1 比对到正向链的reads 基本用法: samtools view -F 16 test.bam|head -1 统计共有多少条r...
samtools mpileup [-EBugp] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa] [-l list] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ] in.bam [in2.bam [...]] 从官方说明:Generate VCF, BCF or pileup for one or multiple BAM files可看出,可以用来和bcftools搭配Call SNPs 最常用的几个参数: -f The faidx-indexed...
2⃣️ 提取比对到参考基因组上的reads:samtools view -bF 4 file.bam > file.F.bam。。若提取两条reads都比对上,则F值设计为12。 4+8 3⃣️ 提取bam文件中比对到chr3的结果,并以sam文件保存:samtools view file.bam chr3 > chr.sam
samtools view -f 4 test.bam|cut -f10 |head -3筛选出比对质量值大于30的情况基本用法: samtools view -q 30 test.bam |awk '{print $1,$5}'|head -3筛选出比对成功,但是并不是完全匹配的序列 基本用法:samtools view -F 4 test.bam |awk '{print $6}'|grep '[IDNSHPX]'|head -52...
samtools mpileup [-EBugp] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa] [-l list] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ] in.bam [in2.bam [...]] 从官方说明:Generate VCF, BCF or pileup for one or multiple BAM files可看出,可以用来和bcftools搭配Call SNPs ...
以下简单介绍samtools view 过滤序列的参数 -q 参数只输出MAPQ（比对质量）大于等于该值的序列，上述命令过滤了MAPQ小于30的序列 另外，通过 -f 和 -F 参数，我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于： -f ：保留该flag值的序列（相当于 grep ） -F ：保留除了该flag值以外的所有序列（...
比如,使用`-F 0x4 -f 0x2 -c`可以计算出比对并且成对的read的比例。 总结: samtools flag是一个非常有用的工具,可以帮助我们解析和操作SAM文件中的标志位。通过使用samtools flag,我们可以快速了解和提取SAM文件中的有用信息,如具体的比对情况和相关统计数据。同时,samtools flag还支持各种参数和选项,可以根据...
它可以根据不同的选项来选择性地查看和提取SAM/BAM文件中的reads。 基本的用法是: ``` samtools view [options] ``` 其中,``是要查看的SAM/BAM文件的路径。 常用的选项包括: - `-b`:将输出格式设置为BAM格式。 - `-h`:输出文件中包含头部信息。 - `-f`:根据flag过滤reads,可以使用flag的数字值或者...