samtools view -bF 4 test.bam > test.F.bam 提取没有比对到参考基因组上的数据 samtools view -bf 4 test.bam > test.f.bam 双端reads都比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 12 test.bam > test.12.bam 单端reads1比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 4 -f 8test .bam > test1...
融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage:samtools merge[-nr][-h inh.sam]<out.bam><in1.bam><in2.bam>[...]Options:-n sort by read names-r attachRGtag(inferredfromfile names)#@RG,比对上的序列(read)说明-u uncompressedBAMoutput-f overwrite the outputBAMifexist-1compress level1-RS...
samtools view -bF 4 test.bam >test.F.bam -F 数字4代表该序列没有比对到参考序列上 数字8代表该序列的mate序列没有比对到参考序列上 比对到反向互补链的reads 基本用法: samtools view -f 16 test.bam|head -1 比对到正向链的reads 基本用法: samtools view -F 16 test.bam|head -1 统计共有多少条r...
-f 输出含有所有flag都reads -F 输出没有flag的reads。。数字4代表改reads没有比对上,数字8表示mate序列没有比对上 -q 比对的最低质量值。。一般20就可以 例子: 1⃣️ sam文件转位bam文件:samtools view -bS file.sam > file.bam bam转sam:samtools view -h -o file.sam file.bam 2⃣️ 提取比...
samtools mpileup [-EBugp] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa] [-l list] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ] in.bam [in2.bam [...]] 从官方说明:Generate VCF, BCF or pileup for one or multiple BAM files可看出,可以用来和bcftools搭配Call SNPs ...
samtools mpileup [-EBugp] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa] [-l list] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ] in.bam [in2.bam [...]] 从官方说明:Generate VCF, BCF or pileup for one or multiple BAM files可看出,可以用来和bcftools搭配Call SNPs ...
比如,使用`-F 0x4 -f 0x2 -c`可以计算出比对并且成对的read的比例。 总结: samtools flag是一个非常有用的工具,可以帮助我们解析和操作SAM文件中的标志位。通过使用samtools flag,我们可以快速了解和提取SAM文件中的有用信息,如具体的比对情况和相关统计数据。同时,samtools flag还支持各种参数和选项,可以根据...
samtools view -h -q1-F4-F256big.sort.dedup.bam |grep -v XA:Z |grep -v SA:Z |samtools view -b - > big.sort.dedup.unique.bam AI代码助手复制代码 其中参数: -q 1:过滤掉比对质量小于1的reads; -F 4:过滤掉没有比对上的reads;
@SQ SN:HPV-18 LN:477 M5:3d9f0d5fd21e5fd86e8d9baa3f6274df UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa @SQ SN:HBV-B LN:3215 M5:0795ca911b48da12f312f945321ad241 UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa @SQ SN:HBV-C LN:3215 M5:0795ca911b48da12f312f945321ad241 UR:file:...
以下简单介绍samtools view 过滤序列的参数 -q 参数只输出MAPQ（比对质量）大于等于该值的序列，上述命令过滤了MAPQ小于30的序列 另外，通过 -f 和 -F 参数，我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于： -f ：保留该flag值的序列（相当于 grep ） -F ：保留除了该flag值以外的所有序列（...