001、 在samtools flagstat 对bam的统计结果中,一共有三个比对率的结果: 002、比对率结果应该以哪个为准? 答案是:以3为准 003、以山羊、绵羊的fastq数据,绵羊的参考基因组进行比对测试 a、如果以primary mapped对比,基本看不出两者的差异(其中S是sheep,G是goat) b、 如果以 properly paired 比对率看,可以清晰...
samtools flagstat 给出BAM文件的比对结果 samtools flagstat [options] <in.bam> -@ 线程 -O FORMAT 设置最终输出的文件格式,可以是txt,json或者tsv,默认为json,tsv; samtools flagstat输出结果解释: 11945742 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) #总共的reads数 0 + 0 duplicates 7536364 +...
我们发现比对率是 66.35% 接着使用 samtools 的 flagstat 进行统计,也能得到比对率 [will@200serverArb-hisat]$ samtools flagstat RNA.bam1299533+0intotal(QC-passed reads+QC-failed reads)13027+0secondary0+0supplementary0+0duplicates866610+0mapped(66.69%:N/A)1286506+0pairedinsequencing643253+0read1643253...
$ samtools flagstat Usage:samtools flagstat[options]<in.bam>--input-fmt-option OPT[=VAL] Specify a single input file format option in the form of OPTION or OPTION=VALUE -@, --threads INT Number of additional threads to use [0]