samtools flagstat in.sam|in.bam|in.cram 参数: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制Cloud Studio 代码运行 -@ INT 设置读取文件时要使用的额外线程数。 -O FORMAT 设置输出格式。FORMAT可以设置为'default', 'json'或'tsv'来选择默认的,json或标签分隔值输出格式。如果不使用此选项,将选择默认格式。 参考...
samtools flagstat 如果hisat2运行时未保存log文件,也可以用samtools flagstat来计算reads的mapping统计值。 illumina reads和Pacbio reads等的sam/bam文件也可以用这种方式统计mapping rate。 flagstat统计结果中,记录的是sam/bam文件中reads的记录数量,即mapping record rate(双端测序包含配对的所有reads)。 samtools flag...
以“PASS + FAILED”格式显示。还可以根据samtools的标志位显示相应的内容,但是这里不做讨论。 命令格式: samtools flagstat <in.bam> |<in.sam> | <in.cram> 运行flagstat命令得到的结果如下图所示。 从第一行至第十一行分别表示: 1. QC pass的reads的数量为2499917,未通过QC的reads数量为0,意味着一共有24...
samtools flagstat sample_name.sorted.bam > sample_name.flagstat.txt## 基本命令 a、生成的文件是一个包含16行的文本文件: 002、 (base) [b20223040323@admin2 workdir]$ cat Asiatic1.flagstat.txt## 查看统计结果622520785+0intotal (QC-passed reads + QC-failed reads)##不是总的reads, 为什么会出现奇...
samtools序列比对率计算(samtoolsflagstat) 准备序列比对后生成的 bam 文件或者 .sam 文件 samtools flagstat .bam文件 > flagstat.tax 结果解释 从第一行至第十一行分别表示: 1.QC pass的reads的数量为2499971,未通过QC的reads数量为0,意味着一共有2499971条reads; ...
samtools flagstat用于给出BAM文件的比对结果。 常用参数: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 -@INT# 设置读取文件时要使用的额外线程数。-OFORMAT# 设置输出格式。FORMAT可以设置为'default','json'或'tsv'来选择默认的,json或标签分隔值输出格式。如果不使用此选项,将选择默认格式。
samtools flagstat A1.sorted.bam 案例十: samtools idxstats A1.sorted.bam 案例十一:提取固定模式reads #提取比对到参考序列上的比对结果 samtools view -F 4 A1.sorted.bam #提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果 samtools view -F 12 A1.sorted.bam #提取没有比对到参考序列上的比...
samtools flagstat [options] <in.bam> -@ 线程 -O FORMAT 设置最终输出的文件格式,可以是txt,json或者tsv,默认为json,tsv; samtools flagstat输出结果解释: 11945742 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) #总共的reads数 0 + 0 duplicates ...
samtools flagstatin.sam|in.bam|in.cram 统计bam文件中reads的比对情况,如多少reads比对上等信息 samtools官网手册还介绍了其他好多的功能,具体可参见: http://www.htslib.org/doc/samtools.html 11、faidx 功能:对fasta格式的文件建立索引,后缀名.fai。根据索引文件和序列文件,可以快速提取任意区域的序列文件。
samtools flagstat in.sam'in.bam'in.cram Does a full pass through the input file to calculate and print statistics to stdout. Provides counts for each of 13 categories based primarily on bit flags in the FLAG field. Each category in the output is broken down into QC pass and QC fail, wh...