samtools flagstat统计bam文件比对后每一个参数的解释如下: 14608455+0intotal(QC-passed reads+QC-failed reads)## reads总数37967+0secondary##出现比对到参考基因组多个位置的reads数0+0supplementary##可能存在嵌合的reads数0+0duplicates##重复的reads数14590894+0mapped(99.88%:N/A)##比对到参考基因组上的reads...
samtools flagstat统计bam文件比对后每一个参数的解释如下：如果有些结果全部为0，可以检查一下是否对这些参数进行标记。比如标记重复MarkDuplicates。参考：http://www.yunbios.net/Flagstat.html
samtools提供了很多用于评估覆盖度的参数,其中比较常用的包括depth、bedcov、flagstat等。depth是用来计算每个位置覆盖的深度,可以帮助用户评估每个位置的测序覆盖情况。bedcov用来根据给定的bed文件计算覆盖度,并将结果以bed格式输出,方便用户进行后续分析。flagstat则可以对比对的reads进行统计,并估计测序数据的覆盖度和质量。
samtools flagstat <in.bam> |<in.sam> | <in.cram> 统计输入文件的相关数据并将这些数据输出至屏幕显示。每一项统计数据都由两部分组成,分别是QC pass和QC failed,表示通过QC的reads数据量和未通过QC的reads数量。以“PASS + FAILED”格式显示 输出形式如下: ...
3.统计和查看比对信息: • 能统计测序数据的各种信息,像测序深度、比对成功的读段数等等。 • 可以查看比对的详细结果,比如哪些读段比对上了,比对的质量怎么样。 4.数据过滤和编辑: • 能根据一定的条件过滤数据,把不符合要求的部分去掉。 • 还能对 BAM 文件的头部信息、比对标记等进行编辑。
7. flagstat 给出BAM文件的比对结果,并输出比对统计结果。除了-@参数指定线程,没有其他的参数 Usage: samtools flagstat [options] <in.bam> samtools flagstat tmp.bam 20000 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) # 总共的reads数 0 + 0 secondary 0 + 0 supplementary 0 + 0 duplicates...
BAMw文件概况统计 samtools flagstat bwa.bam samtools idxstats bwa.bam bamtools stats -in bwa.bam ### 获取最佳比对的序列 samtools flags 2308 # unmap,secondary,supplement ### 此为proper_pair的最佳结果,其对于多次比对的reads只保留一次。 samtools view -f 2 -F 2308 bwa.bam ...
ppps. 学一个单词 scratch file 临时文件 最后，你想要的解释、用法、实例，都可以用一个程序界有一句...
7. flagstat 给出BAM文件的比对结果,并输出比对统计结果。除了-@参数指定线程,没有其他的参数 Usage: samtools flagstat [options]<in.bam>samtools flagstat tmp.bam20000+0intotal (QC-passedreads+QC-failedreads)# 总共的reads数0+0secondary0+0supplementary0+0duplicates18995+0mapped (94.98%: N/A)# 总体...