samtools flagstat sample_name.sorted.bam > sample_name.flagstat.txt## 基本命令 a、生成的文件是一个包含16行的文本文件: 002、 (base) [b20223040323@admin2 workdir]$ cat Asiatic1.flagstat.txt## 查看统计结果622520785+0intotal (QC-passed reads + QC-failed reads)##不是总的reads, 为什么会出现奇...
samtools flagstat -@56ERR3143219.sort.bam > flagstat.txt ## samtools flagstat统计 002、输出结果解读 (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat flagstat.txt## 会多于原始的fastq中的reads数目,因为存在比对到参考基因组多个位置的情况188862098+0intotal (QC-passed reads + QC-failed reads)## 比对到参考...
4.samtools flagstat samtools flagstat用于给出BAM文件的比对结果。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制Cloud Studio 代码运行 samtools flagstat in.sam|in.bam|in.cram 参数: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制Cloud Studio 代码运行 -@ INT 设置读取文件时要使用的额外线程数。 -O FORMAT 设置输出格...
samtools flagstat统计bam文件比对后每一个参数的解释如下: 14608455+0intotal(QC-passed reads+QC-failed reads)## reads总数37967+0secondary##出现比对到参考基因组多个位置的reads数0+0supplementary##可能存在嵌合的reads数0+0duplicates##重复的reads数14590894+0mapped(99.88%:N/A)##比对到参考基因组上的reads...
samtools flagstat统计bam文件比对结果 $ samtools flagstat Usage:samtools flagstat[options]<in.bam>--input-fmt-option OPT[=VAL] Specify a single input file format option in the form of OPTION or OPTION=VALUE -@, --threads INT Number of additional threads to use [0] ...
比对结束后，需要了解比对结果的情况，可以采用samtools flagstat进行统计 samtools flagstat统计bam文件比对后每一个参数的解释如下：如果有些结果全部为0，可以检查一下是否对这些参数进行标记。比如标记重复MarkDuplicates。参考：http://www.yunbios.net/Flagstat.html ...
SAM是一种序列比对格式标准,由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。SAM分为两部分,注释信息(header section)和比对结果部分(alignment section)。 2.BAM是SAM的二进制文件,bam文件优点:bam文件为二进制文件,占用的磁盘空间比sam...
SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能,结合sam格式中的flag、tag等信息,还可以完成比对结果的统计汇总。同时利用linux中的grep、awk等操作命令,还可以大大扩展samtools的使用范围与功能。包含有许多命令,我这里主要介绍几个: ...
illumina reads和Pacbio reads等的sam/bam文件也可以用这种方式统计mapping rate。 flagstat统计结果中,记录的是sam/bam文件中reads的记录数量,即mapping record rate(双端测序包含配对的所有reads)。 samtools flagstat统计 samtools flagstat output.bam > output.flagstat ...
samtools flagstat用于给出BAM文件的比对结果。 常用参数: -@ INT# 设置读取文件时要使用的额外线程数。 -O FORMAT# 设置输出格式。FORMAT可以设置为'default', 'json'或'tsv'来选择默认的,json或标签分隔值输出格式。如果不使用此选项,将选择默认格式。 3.merge和cat merge将多个已经sort了的bam文件融合成一个...