-c -f1 =-c -F12 -c -f2 =-c -f2 -F4 = -c -f2 -F12 -c -F12=-c -F524 # 0x4 + 0x8 + 0x200 -c -F4 = -c -F516 -c -F260=-c -F772 # 0x4 + 0x100 + 0x200 -c -F268=-c -F780 # 0x4 + 0x8 + 0x100 + 0x200 ___ samtools flagstat中几个指标的计算方法 $ ...
四、 samtools使用方法 (1) 将sam文件转化为bam文件 samtools view [options]<in.bam>|<in.sam>[region ...] samtools view -bS sample.sam > sample_unsorted.bam samtools view -bF 4 sample.bam > sample.F4.bam samtools view -b -F 8 -f 4 sample.sam > only.read2.mapped.bam samtools view...
$ samtools view -f4 sample.bam > sample.unmapped.sam # 或者 $ samtools view sample.bam |perl -alne '{print if $F[2] eq "*" or $F[5] eq "*" }' > sample.unmapped.sam 虽然上面两个方法得到的结果是一模一样的,但是这个perl脚本运行速度远远比不上上面的samtools自带的参数。
只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可$ samtools view-b-F12a.bam>a.F12.bam#提取没有比对到参考序列上的比对结果$ samtools view-b-f4a.bam>a.f4.bam#提取bam文件比对到scaffold1上的比对结果,并保存成sam
1.samtoolsview samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式 ...
do not count indel with "view -Y" commit e412dae587883b4c17e5fbf4b7c33f38bfa8458a Author: Heng Li <lh3@live.co.uk> Date: Thu Jul 7 00:35:25 2011 -0400 for WIN32 compatibility commit 70a52501bcfa63824749893a5ab8ed3c38e34958 Author: Heng Li <lh3@live.co.uk> Date: ...
Binary file modifiedBIN+14 Bytes (100%)test/dat/view.fetch-pairs.bam Binary file not shown. 4 changes: 2 additions & 2 deletions4test/dat/view.fetch-pairs.expected.sam Original file line numberDiff line numberDiff line change Expand Up@@ -35,7 +35,7 @@ HS40_16964:6:2305:4829:7734...
$ samtools view -b -F 12 a.bam > a.F12.bam #提取没有比对到参考序列上的比对结果 $ samtools view -b -f 4 a.bam > a.f4.bam #提取bam文件比对到scaffold1上的比对结果,并保存成sam文件格式 #提取目的区域的比对结果前需先对bam文件进行排序 ...
命令格式: samtools view -Sb input.sam > output.bam # -S 输入格式为sam,-b 输出格式为bam 转换成bam格式...