要将SAM转换为BAM,使用samtools view命令,使用-S参数指定我们的输入是SAM格式(默认BAM),使用-b参数指定输出格式是BAM(默认BAM)。Samtools会将返回结果发送到标准输出(UNIX STDOUT),因此需要使用重定向运算符 (“>”) 将其重定向到BAM文件,或者添加-o参数,指定输出文件名。
$ samtools view-Tgenome.fasta-h scaffold1.sam>scaffold1.h.sam (9)sam 和 bam 格式转换 #BAM转换为SAM $ samtools view-h-oout.samout.bam #SAM转换为BAM $ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref...
1.samtools view samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header f...
1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。
1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。
1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。
1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。
library(stringr)library(dplyr)library(plyr)x<-read.table("test.output")#这里的SOD1和MLKL的匹配序列太离谱了,我们先删除,之后手动检查后做x<-x%>%ddply(.,.(V1),function(x){x%>%arrange(V11)%>%.[1,]})x$gene=str_split(x$V1,"_",simplify=T)[,1]x<-x%>%filter(!gene%in%c("MLKL...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]]默认情况下不加 region,则是输出所有的 region.Options: -b output BAM默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式-h print header for the...