查询flag值含义:samtools flag 4 更多Flag信息见:http://www.htslib.org/doc/samtools-flags.html 五.提取特定位置上的比对结果 # 提取bam文件中比对到chr1上的比对结果,并保存到sam文件格式 samtools view test.bam chr1 > test.chr1.sam # 线粒体 samtools view test.bam chrM > test.chrM.sam # 提取c...
比如我们可以通过samtools view中的-f参数,找到flag值包括2的比对结果 samtools view -f 2 -q 30 test.bamchr2:1-74455083 如果有未知含义的flag,可以通过samtools flags查询 samtools flags 49 # 0x31 49 PAIRED,REVERSE,MREVERSE 比对在二号染色体上、flag包括2且质量值大于30的比对 技巧二、使用samtools faidx...
$samtools view -@ 8 -bh -f 2 test.bam > test.mapped.bam $samtools view -@ 8 -bh -F 2 test.bam > test.unmapped.bam 这里提供一个小工具可以快速查询flag值所对应的含义,https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html 在左下侧的框中勾选会给出相应的flag值 在上方搜索栏中输入...
使用samtools flags查阅flags标志位对应信息以便后续过滤分析(如其中flag值0x4代表未比对上的) 也可以按位组合,例如要过滤未通过质量控制以及未比对上的reads时,使用samtools flags unmap,qcfail查阅value 随后可使用如下命令过滤未通过质量控制以及未比对上的reads,并存盘为新的BAM文件 $ samtools view -b -F 516 c...
samtools view [options] ``` 其中,``是要查看的SAM/BAM文件的路径。 常用的选项包括: - `-b`:将输出格式设置为BAM格式。 - `-h`:输出文件中包含头部信息。 - `-f`:根据flag过滤reads,可以使用flag的数字值或者flag的符号表示,例如`-f 4`表示过滤掉flag为4的reads。 - `-F`:与`-f`相反,保留fla...
-c -F268=-c -F780 # 0x4 + 0x8 + 0x100 + 0x200 ___ samtools flagstat中几个指标的计算方法 $ samtools flagstat H1650RNA_S12.hg19.bam 28400342 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) # -c 2924468 + 0 secondary # -c -f0x...
samtools view 提供了强大的筛选功能。你可以根据 FLAG 值、mapping quality、read 长度等进行筛选。如果...
$ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2. sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间...
samtools view -bS abc.sam > abc.bam # BAM转换为SAM samtools view -h -o out.sam out.bam # 提取比对到参考序列上的比对结果 samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam # 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 ...