quickcheck quickly check if SAM/BAM/CRAM file appears intact fastq converts a BAM to a FASTQ fasta converts a BAM to a FASTA -- Statistics bedcov read depth per BED region depth compute the depth # 统计每个碱基位点的测序深度,注意计算前必须对bam文件排序并构建索引 flagstat simple stats idxstat...
@SQ SN:chr3 LN:198022430 M5:fdfd811849cc2fadebc929bb925902e5 UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa SP:/data/ck/samtool/fasta/hg19.dict @SQ SN:chr4 LN:191154276 M5:23dccd106897542ad87d2765d28a19a1 UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa SP:/data/ck/samtool/fasta/hg19....
quickcheck quickly check if SAM/BAM/CRAM file appears intact fastq converts a BAM to a FASTQ fasta converts a BAM to a FASTA 示例 2.3.1)samtools sort -nRNA-seq.bam>RNA-seq_sorted_out.bam #将bam文件进行排序 2.3.2)samtools fastq RNA-seq.bam >RNA-seq.fq #将bam 文件转化为fastq 2.3....
view命令的主要功能是:将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。 bam文件优点:bam文件为二进制文件,占用的磁盘空间比sam文本文件小;利用bam二进...
$ samtools view –T genome.fasta -h scaffold1 > scaffold1.h.bam 根据fasta文件,将header加入到sam或bam文件中 $ samtools sort sample.bam sample.sort.bam 排序,按序列在fasta中的顺序排序 $ samtools merge out.bam in1.bam in2.bam in3.bam ...
-T:使用fasta格式的参考序列 …… 实例演示: bam文件转换为sam文件 samtools view -h smallNA06985 > test.sam sam文件转换为bam文件 samtools view -bS -1 test.sam > test.bam 提取比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 4 test.bam > test.F.bam ...
安装成功后，在终端输入 samtools ，出现如下界面后，表示安装成功。Function & Command | 功能与命令（常用）（1）faidx ：index/extract FASTA 本命令对参考基因组（如hg19等）的fasta文件建立索引文件，生成的文件以.fai后缀结尾。（2）sort： sort alignment file 本命令对bam文件中的序列进行排序，...
Export PATH=$PATH: /where/to/install/bin; source ~.bash_profile 或者source /etc/profile 现在samtools 和bcftools已经安装好了,下面我们就进行calling SNPs和Indels了。 二、使用流程 1. 输入文件 比对结果文件sample.sort..bam和参考基因组序列ref.fa(上一期已对其建立索引,此处不再建立索引); ...
-f FILE FASTA格式的参考序列,如果缺少索引文件将产生FILE.fai -M INT设定mapping质量上限(cap)为INT -t FILE以import 命令描述的格式列出参考名称和序列长度列表。如果出现这一个选项,samtools将假设输入文件为SAM格式;否则假设为BAM格式。 -l(L) FILE指定pileup输出的位点,第一列为染色体,第二列为1-based位点...
fastq converts a BAM to a FASTQ fasta converts a BAM to a FASTA -- Statistics bedcov read depth per BED region depth compute the depth flagstat simple stats idxstats BAM index stats phase phase heterozygotes stats generate stats (former bamcheck) ...