@SQ SN:chr3 LN:198022430 M5:fdfd811849cc2fadebc929bb925902e5 UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa SP:/data/ck/samtool/fasta/hg19.dict @SQ SN:chr4 LN:191154276 M5:23dccd106897542ad87d2765d28a19a1 UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa SP:/data/ck/samtool/fasta/hg19....
samtools index -b test.bam -b 创建bai索引文件,未指定输出格式时,此参数为默认参数 5.Faidx 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列.如果没有指定区域,faidx命令就创建文件索引并生成后缀为.fai的索引文件。如果指定区域,那么就是生产并...
-n 设置按照read名称进行排序;-oFILE设置最终排序后的输出文件名;-OFORMAT设置最终输出的文件格式,可以是bam,sam或者cram,默认为bam;-TPREFIX设置临时文件的前缀;-@INT设置排序和压缩是的线程数量,默认是单线程。 3.samtools index 必须对bam文件进行默认情况下的排序后,才能进行index。否则会报错。建立索引后将产生...
samtools fastq test.bam 15、fasta 作用:bam文件转换为fasta 用法: samtools fasta test.bam 16、idxstats 作用:检索和打印与输入文件相对应的index file里的统计信息 Usage: samtools idxstats <in.bam> 用法: samtools idxstats test.sort.bam 结果返回一个表格,4列。 第一列:序列名 第二列:序列长度 第三列...
index生成索引文件 view主要用途有两个 ,一是文件SAM和BAM之间的格式转换 ,二是查看二进制文件 stats:生成关于比对数据的统计信息,如测序覆盖度、比对质量等 faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 ...
（1）faidx ：index/extract FASTA 本命令对参考基因组（如hg19等）的fasta文件建立索引文件，生成的文件以.fai后缀结尾。（2）sort： sort alignment file 本命令对bam文件中的序列进行排序，默认下是按序列在fasta文件中的顺序（即header）和序列从左往右的位点排序。（3）merge： merge sorted ...
接下来是sort和index bam文件,分别用到samtools sort 和 samtools index sort的时候可能因为samtools的版本不一样重复原文命令会遇到报错,需要我们自己加上一个 -o 参数指定输出文件 现在有了bam文件和参考基因组,试着将比对结果可视化一下,用到IGV 通过2导入参考基因组fasta文件,通过1导入index后的bam文件(index时生...
index: 索引排序比对 faidx: 建立FASTA索引,提取部分序列 tview: 文本格式查看序列 pileup: 产生基于位置的结果和 consensus/indel calling 3.最常用的三板斧就是格式转换,排序,索引 转换:samtools view -S SRR3589912.sam-b > SRR3589912.bam(-S是最新版的samtools为了兼容以前的版本写的) ...
首先一定要先对fasta文件构建index samtools faidx test.fasta 使用samtools faidx samtools faidx chr1 test.fasta>chr1.fasta 或者提取指定未知 samtools faidxchr1:1-1000000 test.fasta>test.sub.fasta 技巧三、使用samtools depth 统计bam文件每个位置的测序深度 ...
fasta converts a BAM to a FASTA -- Statistics bedcov read depth per BED region depth compute the depth flagstat simple stats idxstats BAM index stats phase phase heterozygotes stats generate stats (former bamcheck) -- Viewing flags explain BAM flags ...