对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列.如果没有指定区域,faidx命令就创建文件索引并生成后缀为.fai的索引文件。如果指定区域,那么就是生产并显示fasta格式的子序列。输入文件可以使BGZF压缩格式的文件。输入文件中的序列要有不同的名称。如果...
fasta是一种常用的序列存储格式,GATK、IGV等软件对序列进行快速查找的时候通常需要建立fasta的索引文件。fa文件的索引为fai结尾的文件,可以使用samtools faidx命令创建,具体用法如下: 代码语言:javascript 复制 #samtools faidx input_ref.fa samtools faidx GRCm38.p5.genome.fa 代码语言:javascript 复制 head(GRCm38.p5...
fasta序列格式要求:每条序列,除了最后一行外,其他行的长度必须相同! 为了方便,我们在NCBI上下载水稻NIP基因组的序列,进行演示: 地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=rice 然后,进行解压缩,重命名为seuence.fa 用法: samtools faidx sequence.fa 最后生成一个sequence.fa.fai索引文件,一共5列,每列...
fasta是一种常用的序列存储格式,GATK、IGV等软件对序列进行快速查找的时候通常需要建立fasta的索引文件。fa文件的索引为fai结尾的文件,可以使用samtools faidx命令创建,具体用法如下: #samtools faidx input_ref.fa samtools faidx GRCm38.p5.genome.fa head(GRCm38.p5.genome.fa.fai) 输出为GRCm38.p5.genome.fa.fa...
fasta是常用的序列存储格式,软件对序列进行快速查找的时候通常需要建立索引文件,例如在GATK、IGV等软件中导入序列的时候都需要建立索引。fasta格式文件的一种索引为fai结尾的文件,可以使用samtools faidx命令创建,具体用法如下: 用法: samtools faidx input.fa
samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, ...
faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 tview查看reads比对到基因组的情况,类似基因组浏览器的功能 markdup标记重复序列,在duplicate read上标注,并没有将它从sam文件中去除
samtools faidx ref.fasta生成了索引文件fasta.fai,是一个文本文件,分成了5列。第一列是序列名称第二列为序列长度第三列是OFFSET,第一个碱基的偏移量,以0为起始值。序列所在的位置”,因为该数字从上往下逐渐变大,最后的数字是genome.fasta文件的大小第四列LINEBASES,除了最后一行以外,其他代表序列的碱基数,单位为...
$ samtools faidx genome.fasta 生成了索引文件genome.fasta.fai,是一个文本文件,分成了5列。第一列是子序列的名称; 第二列是子序列的长度;个人认为“第三列是序列所在的位置”,因为该数字从上往下逐渐变大, 最后的数字是genome.fasta文件的大小;第4和5列不知是啥意思。于是通过此文件,可以定 ...
1 建立索引 建立索引只需在Linux下输入命令：samtools faidx input.fa 这里序列文件为 input.fa，生成的索引文件以 .fai 结尾。需要注意的是，输入的fasta文件的每条序列除最后一行外，其余行的长度必须相同，否则会报错哦！最后生成的.fai文件如下， 共5列，以制表符分隔；第一列 NAME : 序列的名称...