-m:候选INDEL的最小间隔的reads -f:输入有索引文件的fasta参考序列 -F :含有间隔reads的最小片段 …… 用法: 生成一个简单的vcf文件 samtools mpileup -vu test.sort.bam 如果有参考基因组的话 samtools mpileup -vuf genome.fasta test.sort.bam 10、dict 作用:建立参考基因组字典 用法: samtools dict test...
11)samtools rmdupse <out.bam>,除去单端读段(single-ended reads)。这一命令将把所有的读段当作单端读段,即使它们实际上是配对的。 12)samtools fillmd [‐e] <aln.bam> <ref.fasta>,产生MD标签,如果已经存在并且产生的MD标签不同,这个命令将给予警告。 -e 如果读段碱基与参考序列相同,将其转换成=,ind...
功能:对fasta格式的文件建立索引,后缀名.fai。根据索引文件和序列文件,可以快速提取任意区域的序列文件。 fasta序列格式要求:每条序列,除了最后一行外,其他行的长度必须相同! 为了方便,我们在NCBI上下载水稻NIP基因组的序列,进行演示: 地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=rice 然后,进行解压缩,重命名...
-f:获得未必对上(unmapped)的过滤设置[默认0] -T:使用fasta格式的参考序列 例子如下 bam文件转换为sam文件 samtools view-h smallNA06985>test.sam sam文件转换为bam文件 # converting sam to bam andsortaswell ls*.sam|whileread ido(samtoolssort-O bam-@10-o $(basename ${i}".sam").bam ${i})do...
de novo的转录组数据,比对的时候一般用的是自己组装好的trinity.fasta序列(挑选最长蛋白的转录本序列)来做参考,用bowtie2等工具直接将原始序列比对即可。所以比对 sam/bam文件本身就包含了参考序列的每一条转录本序列ID,直接对 sam/bam文件进行counts就知道每一个基因的表达量啦!
通过2导入参考基因组fasta文件,通过1导入index后的bam文件(index时生成的后缀为fai的文件也必须同时存在),通过4和5 可以缩小和放大参考基因组显示的区域,通过改变3破折号前后的数字可以选择要展示的基因组区域(IGV好像还有很多小工具有机会可以探索一下) IGV查看比对结果所用到的文件 百度云链接密码 il9...
samtools tview aln.sorted.bam ref.fasta】 描述: Samtools是一系列处理BAM格式序列的应用。它从SAM(Sequence Alignment/Map)格式输入或者输出为SAM格式,可以进行排序,合并和建立索引,并且允许快速地检索任意区域的读段(reads)。 命令和选项: 1)samtoolsview [‐bhuHS] [‐t in.refList] [‐o output] [‐f ...
处理双端测序reads和单端测序reads。 calmd samtools calmd [-EeubSr] [-C capQcoef] <aln.bam> <ref.fasta> 产生MD 标签。如果 MD 标签已经存在,并且新产生的MD标签和已有的不一样的话,这个命令会发出一个警告。默认输出成 SAM 。 OPTIONS:
11)samtoolsrmdupseinput.srt.bam out.bam,除去单端读段(single-ended reads)。这一命令将把所有的读段当作单端读段,即使它们实际上是配对的。 12)samtoolsfillmd[‐e] aln.bam ref.fasta,产生MD标签,如果已经存在并且产生的MD标签不同,这个命令将给予警告。
使用序列fasta文件作为header的输入 -o FILE output file name [stdout] -R FILE list of read groups to be outputted [null] -f INT required flag, 0 for unset [0] -F INT filtering flag, 0 for unset [0] Skip alignments with bits present in INT [0] ...