samtools view-bF12test.bam>test.12.bam ## 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可,但其实我们双端测序的数据是需要取PEmap到同一个fragment的reads samtools view-bf2test.bam>test.f2.bam 单端测序筛掉低质量的数据 samtools view-bF4abc.bam>abc...
samtools view -bF 4 -f 8 test .bam > test1.bam 单端reads2比对到参考基因组上的数据 $ samtools view -bF 8 -f 4 test.bam > test2.bam 提取bam文件中比对到scaffold1上的比对结果,并保存到sam文件格式 $ samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam 提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的...
-c -f1 =-c -F12 -c -f2 =-c -f2 -F4 = -c -f2 -F12 -c -F12=-c -F524 # 0x4 + 0x8 + 0x200 -c -F4 = -c -F516 -c -F260=-c -F772 # 0x4 + 0x100 + 0x200 -c -F268=-c -F780 # 0x4 + 0x8 + 0x100 + 0x200 ___ samtools flagstat中几个指标的计算方法 $...
The error code I see is: 3496 Command executed: 3497 3498 minimap2 -t 4 -ax splice -uf -p 1.0 "genome_index.mmi" "seqs.fastq.gz" | samtools view -Sb > "output.bam" 3499 samtools sort -@ 4 "output.bam" -o "WTpoly2_reads_aln_sorted.bam" 3500 3501 Command exit status: 3502 ...
@文心快码BaiduComateonfigure: error: curses development files not found the 'samtools tview' com 文心快码BaiduComate 解释configure: error: curses development files not found错误的原因 这个错误通常出现在尝试编译和安装某些依赖于ncurses库的软件时,如samtools。ncurses是一个文本用户界面的库,它提供了功能...
when I use the command 'samtools view -bS GSM653001_BMM_KO_aligned.SAM > GSM653001_BMM_KO_aligned.bam' I got an error as follows: [E::sam_parse1] missing SAM header [W::sam_read1] Parse error at line 3 [main_samview] truncated file. the ...
Check lowerbound in text entry box to avoid segfault in tview. Remove redundant call to bam_aux_get. Signed-off-by: Nils Homer <nils.homer@lifetech.com> commit 5e729da5190949a813d20d329eab7ddb661816bd Author: Nils Homer <nils.homer@lifetech.com> Date: Thu Feb 16 10:31:48 ...
samtools view test.sam | head -n1 | tr 't' 'n' | nl 1 r001 # QNAME: read信息 2 99 # FLAG: 信息量大 3 ref # RNAME: 参考序列 4 7 # POS:比对到的位置 5 30 # MAPQ: 比对质量 6 8M2I4M1D3M # CIGAR: 信息量大 7 = # RNEXT: 配对read所在序列,=表示同一条序列 ...