$ samtools view-h-oout.samout.bam #SAM转换为BAM $ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref.fa samtools view-btref.fa.faiout.sam>out.bam 2. sort 对bam文件进行排序,不能对sam文件进行排序。以lef...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header f...
samtools view -H input.bam: 以文本格式仅查看bam文件的header 使用三 : sam ---> bam samtools view -b input.sam > output.bam samtools view -O BAM input.sam > output.bam 这种情况下,不必使用-h参数,生成的bam文件中会自动带有之前文件中的header 使用四 : bam ---> sam samtools view -h inp...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header f...
samtools view是一个用于查看和过滤SAM/BAM文件的命令行工具。它可以根据不同的选项来选择性地查看和提取SAM/BAM文件中的reads。 基本的用法是: ``` samtools view [options] ``` 其中,``是要查看的SAM/BAM文件的路径。 常用的选项包括: - `-b`:将输出格式设置为BAM格式。 - `-h`:输出文件中包含头部...
view主要用途有两个,一是文件SAM和BAM之间的格式转换,二是查看二进制文件 stats:生成关于比对数据的统计信息,如测序覆盖度、比对质量等 faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 ...
1.格式转换(samtools view) 我们先查看一下上一篇文章【转录组分析 | 使用Hisat2进行序列比对】中产生的sam文件。 代码语言:javascript 复制 ll-h./cleandata/hisat2_mm10data/ 先建立一个输出数据的文件夹。 代码语言:javascript 复制 mkdir./cleandata/samtools_bam ...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 ...
$ samtools view –T genome.fasta -h scaffold1 > scaffold1.h.bam 根据fasta文件,将header加入到sam或bam文件中 $ samtools sort sample.bam sample.sort.bam 排序,按序列在fasta中的顺序排序 $ samtools merge out.bam in1.bam in2.bam in3.bam ...
如果只是查看sam文件的序列比对结果的前几行，可以用该命令简单的查看.默认情况，samtools view输出序列到屏幕，可以重导向到别的文件。-b ：声明输出为bam格式的文件。 -h ：保留sam文件的header（如果有的话），header信息常包括比对的参考基因组的染色体信息和比对的命令 -@ ：指明使用的线程...