$ samtools view-Tgenome.fasta-h scaffold1.sam>scaffold1.h.sam (9)sam 和 bam 格式转换 #BAM转换为SAM $ samtools view-h-oout.samout.bam #SAM转换为BAM $ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref...
$ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam提取比对到参考序列上的比对结果$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可$ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam提取没有比对到参考序列上的比对...
$ samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000 $gt; scaffold1_30k-100k.sam #提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 $ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam #根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 samtools的view不就可以进行格式转换,还可以进行...
samtools view -bF 4 test.bam > test.F.bam 提取没有比对到参考基因组上的数据 samtools view -bf 4 test.bam > test.f.bam 双端reads都比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 12 test.bam > test.12.bam 单端reads1比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 4 -f 8test .bam > test1...
samtools view -h -o out.sam out.bam SAM转换为BAM samtools view -bS out.sam >out.bam -b 意思使输出使BAM format -S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQ samtools faidx ref.fa samtools view -bt ref.fa.fai out.sam > out.bam ...
samtools view -bS test.sam > test.bam 附:samtools功能蛮强大的,功能很多,都可以单独写一篇了,参考的里面有非常详细的记录。 七.错误 错误1. [M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs [M::process] read 67652 sequences (10000283 bp)... ...
samtools view -bS abc.sam > abc.bam # BAM转换为SAM samtools view -h -o out.sam out.bam # 提取比对到参考序列上的比对结果 samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam # 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 ...
samtoolsview-bSinput.sam>output.bam#用法samtoolsview-bS./ly1_seq_mached_1.sam>/home/cyh/Desktop/his_result_ly1/ly1_seq_mached_1.bam 或者:直接排序转换为.bam文件 samtoolssort-@4-ooutput.baminput.sam -@ 4 表示四个核 总结: samtoolsview-b-h-F0x04-q10input.sam>output.bamsamtoolssortoutput...
samtools view -bS artificial.sam >artificial.bam samtools view -bS artificial.cram >artificial2.bam 1. 2. 3. 遇到问题: hadoop@Mcnode6:~/cloud/adam/xubo/1000genomes/GIH/NA21144/alignment$ samtools view -b -S NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage.cram >NA21144.alt_bwame...
(1)View samtools view -bS abc.sam > abc.bam #将sam文件转换为bam文件 参数: -b bam 输出bam -S sam 输入sam -@ 线程 在比对完成的sam文件中,包含着mapped reads 和unmapped reads $ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam #提取没有比对到参考序列上的比对结果,步包含标签 $ samtools view ...