samtools view-bS abc.sam>abc.bam #BAM转换为SAMsamtools view-h-o out.sam out.bam # 提取比对到参考序列上的比对结果 samtools view-bF4abc.bam>abc.F.bam # 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 samtools view-bF12abc.bam>abc.F12.bam ...
samtools view -bF 12 test.bam > test.12.bam 单端reads1比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 4 -f 8test .bam > test1.bam 单端reads2比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 8 -f 4 test.bam > test2.bam 2、sort 主要功能:对bam文件进行排序(不能对sam文件进行排序) 主要参数释义...
1.view view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] | [region1 [...]] # 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -boutput BAM # 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -hprint header for the ...
#将sam文件转换成bam文件$ samtools view -bS abc.sam > abc.bam$ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam #提取比对到参考序列上的比对结果$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam #提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可$ samtool...
$ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref.fa samtools view-btref.fa.faiout.sam>out.bam 2. sort 对bam文件进行排序,不能对sam文件进行排序。以leftmost coordinates的方式对比对结果进行排序,或者使用-n参...
Example :samtools view -bS test.sam > test.bam 重要参数解读: -b:输出bam格式 -C:输出CRAM文件 -1:快速压缩(需要-b) -u:输出未压缩的bam文件,节约时间,占据较多磁盘空间(需要-b) -h:默认输出sam文件不带表头,该参数设定后输出带表头信息
samtools view test.bam chr1:30000-100000 > test.chr1_30k-100k.sam 六.将sam文件、bam文件、fastq文件之间转换 ## bam文件转fastq文件 samtools fastq -N -1 sample_P1.fq -2 sample_P2.fq sample.bam ## sam文件转bam文件: samtools view -bS test.sam > test.bam ...
samtools view -bS -t genome.fa.fai file.sam >file.bam -b 输出参数是bam文件 -S 输入文件是sam文件 -t list of reference names and lengths (force -S) samtools sort <in.bam> <out.prefix> 进行bam文件排序 samtools mpileup genome.fa file.bam | bcftools_v0.1.19 view -cg ...
; papaya_S1FR_CAGATC_L000.sam$samtoolsview-bS papaya_S1FR_CAGATC_L000.sam> papaya_S1FR_CAGATC_L000.bam...原文链接:http://www.cnblogs.com/Datapotumas/p/6863584.html# 估算测序深度、reads数目、N50等值(自写perl程序): $ perl 智能推荐 ...