$ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref.fa samtools view-btref.fa.faiout.sam>out.bam 2. sort 对bam文件进行排序,不能对sam文件进行排序。以leftmost coordinates的方式对比对结果进行排序,或者使用-n参...
例子: 将sam文件转换成bam文件$ samtools view -bS abc.sam > abc.bam $ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam提取比对到参考序列上的比对结果$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可$ samtoo...
2、转换格式,.sam转换成.bam samtoolsview-bSinput.sam>output.bam#用法samtoolsview-bS./ly1_seq_mached_1.sam>/home/cyh/Desktop/his_result_ly1/ly1_seq_mached_1.bam 或者:直接排序转换为.bam文件 samtoolssort-@4-ooutput.baminput.sam -@ 4 表示四个核 总结: samtoolsview-b-h-F0x04-q10input....
samtools view -bS abc.sam > abc.bam #将sam文件转换为bam文件 参数: -b bam 输出bam -S sam 输入sam -@ 线程 在比对完成的sam文件中,包含着mapped reads 和unmapped reads $ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam #提取没有比对到参考序列上的比对结果,步包含标签 $ samtools view -bF 12 a...
Samtools是一款处理高通量测序数据的常用软件,主要包括samtools和bcftools两个工具。Samtools用于对SAM/BAM/CRAM格式文件进行读/写/编辑/建索引/查看等;bcftools可用于对BCF2/VCF/gVCF格式文件进行读/写,对SNP…
samtools是生物信息学中不可或缺的软件之一，集成了多种工具用于处理高通量测序数据。在实际科研中，我们...
1.SAM（sequence Alignment/mapping)数据格式是⽬前⾼通量测序中存放⽐对数据的标准格式，当然他可以⽤于存放未⽐对的数据 2.AMTools的主要功能如下：view: BAM-SAM/SAM-BAM 转换和提取部分⽐对 sort: ⽐对排序 merge: 聚合多个排序⽐对 index: 索引排序⽐对 faidx: 建⽴FASTA索引，提取部分序列...
samtools view是一个用于查看和过滤SAM/BAM文件的命令行工具。它可以根据不同的选项来选择性地查看和提取SAM/BAM文件中的reads。 基本的用法是: ``` samtools view [options] ``` 其中,``是要查看的SAM/BAM文件的路径。 常用的选项包括: - `-b`:将输出格式设置为BAM格式。 - `-h`:输出文件中包含头部...
samtools是常用的对sam/bam文件操作的工具，其中samtools view命令可以实现查看序列、sam-bam文件转换、过滤序列等功能。下面用实际的例子简单介绍个人使用samtools view过程中的一些经验。如果只是查看sam文件的序列比对结果的前几行，可以用该命令简单的查看.默认情况，samtools view输出序列到屏幕，可以重导向...