$ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2. sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间。
samtools view -bF 12 test.bam > test.12.bam 单端reads1比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 4 -f 8test .bam > test1.bam 单端reads2比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 8 -f 4 test.bam > test2.bam 2、sort 主要功能:对bam文件进行排序(不能对sam文件进行排序) 主要参数释义...
$ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam #提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam #提取没有比对到参考序列上的比对结果,包含标签 $ samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam #...
samtools view -bS abc.sam > abc.bam # BAM转换为SAM samtools view -h -o out.sam out.bam # 提取比对到参考序列上的比对结果 samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam # 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 samtools view -bF 12...
#将sam文件转换成bam文件$ samtools view-bS a.sam>a.bam#提取比对到参考序列上的比对结果$ samtools view-bF4a.bam>a.F4.bam#提取paired reads中两条reads都比对到参考序列的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可$ samtools view-b-F12a.bam>a.F12.bam#提取没有比对到参考序列上的比对结果$...
samtools view test.bam chr1:30000-100000 > test.chr1_30k-100k.sam 六.将sam文件、bam文件、fastq文件之间转换 ## bam文件转fastq文件 samtools fastq -N -1 sample_P1.fq -2 sample_P2.fq sample.bam ## sam文件转bam文件: samtools view -bS test.sam > test.bam ...
详细参数以及用法可以查看官方文档或自己-h查看 官方手册:Samtools-Manual-CN by CNCBI 1、排序 samtoolssortinput.sam-ooutput.sam#用法samtoolssortly1_seq_mached.sam-oly1_seq_mached_1.sam 2、转换格式,.sam转换成.bam samtoolsview-bSinput.sam>output.bam#用法samtoolsview-bS./ly1_seq_mached_1.sam>...
samtools view -bS abc.sam > abc.bam BAM转换为SAM samtools view -h -o out.sam out.bam 提取比对到参考序列上的比对结果 samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 samtools view -bF 12 abc.bam...
samtools view -bStmp1.sam > tmp1.bam samtools sorttmp1.bam tmp1.sorted samtoolsindex tmp1.sorted.bam samtools mpileup -d 1000 -gSDf ../../../ref-database/hg19.fa tmp1.sorted.bam |bcftools view -cvNg – >tmp1.vcf 因为这个软件都是与bwa和bowtie等能产生sam文件的软件合作才能使用。