view 要对来自BWA或其他比对工具产生的SAM输出文件进行进一步的操作,我们需要首先将SAM转换为其对应的二进制格式BAM。二进制格式对于计算机来说更容易处理,而且减小了内存。要将SAM转换为BAM,使用samtools view命令,使用-S参数指定我们的输入是SAM格式(默认BAM),使用-b参数指定输出格式是BAM(默认BAM)。Samtools会将返回...
samtools view -S SRR00000.sam -b > SRR00000.bam 对比对后文件进行排序 samtools sort SRR00000.bam -o SRR00000_sorted.bam 对排序后文件建立索引 samtools index SRR00000_sorted.bam 通常以上的三个步骤是依次进行 2、格式转换 sam -> bam samtools view -S SRR00000.sam -b > SRR00000.bam bam ->...
faidx: 建立FASTA索引,提取部分序列 tview: 文本格式查看序列 pileup: 产生基于位置的结果和 consensus/indel calling 3.最常用的三板斧就是格式转换,排序,索引 转换:samtools view -S SRR3589912.sam-b > SRR3589912.bam(-S是最新版的samtools为了兼容以前的版本写的) 排序:samtools sort SRR3589912.bam-o...
tview: ⽂本格式查看序列 pileup: 产⽣基于位置的结果和 consensus/indel calling 3.最常⽤的三板斧就是格式转换，排序，索引 转换：samtools view -S SRR3589912.sam -b > SRR3589912.bam（-S是最新版的samtools为了兼容以前的版本写的）排序：samtools sort SRR3589912.bam -o SRR3589912_sorted....
view主要用途有两个,一是文件SAM和BAM之间的格式转换,二是查看二进制文件 stats:生成关于比对数据的统计信息,如测序覆盖度、比对质量等 faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 ...
$ samtools view-Tgenome.fasta-h scaffold1.sam>scaffold1.h.sam (9)sam 和 bam 格式转换 #BAM转换为SAM $ samtools view-h-oout.samout.bam #SAM转换为BAM $ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref...
samtools view -S -O BAM test.sam -o test.bam sam2fastq -c: compression level -@: threads -t: copy RG, BC and QT tags to the FASTQ header line ~/miniconda3/bin/samtools fastq test.sam-c6-@10-1reads_1.fq.gz-2reads_2.fq.gz ...
rename "s/.mapped.ILLUMINA.bwa.CEU.low_coverage.20111***14.bam//" * 结果如下: 1、view 主要功能:sam和bam文件之间相互转换,针对bam文件进行相关操作。bam文件是sam文件的二进制格式,占据内存较小且运算速度快。 查看view的主要参数: 重要参数释义: -...
是view的一个应用-b指定输出文件为bam, -S 指定输入文件为sam 随机取出bam文件的某一部分出来， 必须要有index文件 ，否则会报错： [bam_index_load] fail to load BAM index. [main_samview] random alignment retrieval only works for indexed BAM files.关于view更详细的参数说明 ：-h是将bam...
samtools view-Tgenome.fasta-h scaffold1.sam>scaffold1.h.sam 具体例子: 2.samtools sort 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 samtools sort用来对SAM/BAM/CRAM文件进行排序,按最左坐标排序,或使用-n时按读取名称排序。默认情况下,排序后的输出被写到标准输出,或者在使用-o时写到指...