1.samtools view samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输...
$ samtools view-h-oout.samout.bam #SAM转换为BAM $ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref.fa samtools view-btref.fa.faiout.sam>out.bam 2. sort 对bam文件进行排序,不能对sam文件进行排序。以lef...
$ samtools sort abc.bam abc.sort###注意 abc.sort 是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam$ samtools view abc.sort.bam | less -S 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out....
$ samtools sort abc.bam abc.sort###注意 abc.sort 是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam$ samtools view abc.sort.bam | less -S 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out....
$ samtools view abc.sort.bam | less -S 1. 2. 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out.bam> <in1.bam> <in2.bam>[...] ...
要将SAM转换为BAM,使用samtools view命令,使用-S参数指定我们的输入是SAM格式(默认BAM),使用-b参数指定输出格式是BAM(默认BAM)。Samtools会将返回结果发送到标准输出(UNIX STDOUT),因此需要使用重定向运算符 (“>”) 将其重定向到BAM文件,或者添加-o参数,指定输出文件名。
samtools view -F 4 test.bam |awk '{print $6}'|grep '[IDNSHPX]'|head -5 2.Sort 对bam文件进行排序 基本用法: samtools sort -@ 10 -o test.bam test.sam -@ 设置排序和压缩是的线程数量,默认是单线程。-o 输出文件名 3.Merge 当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文...
使用: samtools sort -o sorted.bam input.bam: 对bam文件按照默认模式进行sort samtools index sorted.bam sorted.bam.bai: 生成索引文件 samtools tview sorted.bam path/to/reference.fasta: 进入交互界面 交互界面 交互界面操作: g: 出现序列位置跳转窗口,输出染色体名 : 碱基位置数来查看该位置的序列;按任意...
$ samtools view abc.sort.bam | less -S 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out.bam> <in1.bam> <in2.bam>[...] ...
samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式 ...