写在前面 不出意外,6月,会把「TBtools」与群体遗传数据分析相关的系列插件,逐个释放。今天释放第二个,主要用于对 BAM 排序,同时支持 SAM / BAM / CRA...
004、 samtools idxstats 统计结果 [root@PC1 002_result]#samtools idxstats SRR21814498.sorted.bam | column -t ## 统计命令NC_003070.930427671390835219878## 第一列scaffold名称, 第二列长度,第三列,比对上的reand数目NC_003071.719698289306317013234## 第四列 未比对上的read数目NC_003074.823459830329476313086NC_...
基于短序列比对参考基因组的算法目前已经是生物信息学最主要的算法之一(甚至不加这个之一都说得过去),无论是基因组学中的变异检测、转录组学中的表达定量还是表观组学中的peak calling等,无不是短序列比对参考基因组作为算法流程的基础。短片段比对在不同场景中可供使用的集成软件已经有数十款,基于的算法包括空位种子...
Samtools是一款处理高通量测序数据的常用软件,主要包括samtools和bcftools两个工具。Samtools用于对SAM/BAM/CRAM格式文件进行读/写/编辑/建索引/查看等;bcftools可用于对BCF2/VCF/gVCF格… XiaoL666 欧路词典制作cvs或txt格式导入的课本 昨天发现了这个神奇的软件,今天心血来潮试了一下 (记录一下,以防以后忘了制作...
view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。
samtools 之前博文已经介绍过一些常用的方法。本篇主要说下如何利用samtools 和 bcftools来call snp。和其他工具一样，bam文件都要经过处理（另见博文）。假如对C17样本进行call snp, 数据为：LC17-1_L002.sorted.rmp.rg.recal.bam LC17-2_L006.sorted.rmp.rg.recal.bam LC17-3_L002.sorted.rmp...
2.统计 samtools flagstat myck-gi-1co.sam 3.转换为bam samtools view -bS myck-gi-1co.sam > myck-gi-1co.bam 4.提取(F 4 代表双端比对上的序列) samtools view -b -h -F 4 myck-gi-1co.bam > myck-gi-1co.mapped.bam samtools view -F 4 myck-gi-1.merged.bam | awk '{print ...
一对reads都比对到了参考序列上的数量但是并不一定比对到同一条染色体上 samtools序列比对率计算(samtoolsflagstat) 准备序列比对后生成的 bam 文件或者 .sam 文件 samtools flagstat .bam文件 > flagstat.tax 结果解释 从第一行至第十一行分别表示: 1.QC pass的reads的数量为2499971,未通过QC的reads数量为0,意味...
001、利用samtools计算每一个位点的测序深度 [b20223040323@admin1 test]$ls ## 测试bam文件SRR21814498.sorted.markdup.bam SRR21814498.sorted.markdup.bam.bai [b20223040323@admin1 test]$samtools depth-aa SRR21814498.sorted.markdup.bam >all_depth.txt ## 利用samtools统计参考基因组所有位点的测序深度[b...
samtools view -bS artificial.sam >artificial.bam samtools view -bS artificial.cram >artificial2.bam 1. 2. 3. 遇到问题: hadoop@Mcnode6:~/cloud/adam/xubo/1000genomes/GIH/NA21144/alignment$ samtools view -b -S NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage.cram >NA21144.alt_bwame...