写在前面 不出意外,6月,会把「TBtools」与群体遗传数据分析相关的系列插件,逐个释放。今天释放第二个,主要用于对 BAM 排序,同时支持 SAM / BAM / CRAM 格式的输入... 这个功能非常简单,只要设置输入文件就可以了。 PS: 其实「TBtools」几乎所有插件都是跨平台可用,也就是这个插件,Windows下和MacOS下都可以用。
004、 samtools idxstats 统计结果 [root@PC1 002_result]#samtools idxstats SRR21814498.sorted.bam | column -t ## 统计命令NC_003070.930427671390835219878## 第一列scaffold名称, 第二列长度,第三列,比对上的reand数目NC_003071.719698289306317013234## 第四列 未比对上的read数目NC_003074.823459830329476313086NC_...
基于短序列比对参考基因组的算法目前已经是生物信息学最主要的算法之一(甚至不加这个之一都说得过去),无论是基因组学中的变异检测、转录组学中的表达定量还是表观组学中的peak calling等,无不是短序列比对参考基因组作为算法流程的基础。短片段比对在不同场景中可供使用的集成软件已经有数十款,基于的算法包括空位种子...
今天想看一下自己的序列里面会不会有某细菌基因组存在,主要使用BWA和Samtools: bwa主要用于将低差异度的短序列与参考基因组进行比对。主要包含三种比对算法:backtrack、SW和MEM,第一种只支持短序列比对(<100bp),后两种支持长序列比对(70bp~1M),并支持分割比对(split alignment)。MEM算法是最新的也是官方推荐的。
操作步骤：1. samtools包括samtools、BCFtools和HTSlib三个主要部分。2. 安装samtools。3. 转换sam文件。4. 提取比对到参考序列上的结果。5. 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果。6. 提取没有比对到参考序列上的比对结果。7. 从bam文件中提取比对到scaffold1上的比对结果，并保存...
view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。
IGV是一款由博德研究所开发的基因组可视化软件，旨在将海量基因组数据转化为可读的可视化状态。该软件提供交互式界面，让用户加载基因组并读入比对数据的BAM文件。IGV允许用户展示reads比对情况及区域测序深度，广泛应用于遗传病研究、m6A等组学分析中。十年来，IGV已成为组学分析不可或缺的工具，其图形展示被...
https://github.com/samtools/samtools/releases 在下载页面中，您会看到samtools的压缩文件，其文件后缀为“.bz2”。您可以选择复制下载链接，并利用迅雷等下载工具进行高速下载。如果您在Linux环境中，也可以尝试使用wget命令进行下载。请注意，下载过程中请确保网络连接的稳定性，以确保下载的顺利进行。1.9版本samtools...
一对reads都比对到了参考序列上的数量但是并不一定比对到同一条染色体上 samtools序列比对率计算(samtoolsflagstat) 准备序列比对后生成的 bam 文件或者 .sam 文件 samtools flagstat .bam文件 > flagstat.tax 结果解释 从第一行至第十一行分别表示: 1.QC pass的reads的数量为2499971,未通过QC的reads数量为0,意味...
samtools 之前博文已经介绍过一些常用的方法。本篇主要说下如何利用samtools 和 bcftools来call snp。和其他工具一样，bam文件都要经过处理（另见博文）。假如对C17样本进行call snp, 数据为：LC17-1_L002.sorted.rmp.rg.recal.bam LC17-2_L006.sorted.rmp.rg.recal.bam LC17-3_L002.sorted.rmp...