一、安装Samtools sort 安装Samtoolssort前,首先需要安装Samtools。Samtools是一个处理SAM/BAM格式文件的一套基本的命令行工具,包括文件格式转换、排序、索引、过滤等常用功能。因此,Samtools sort也是基于Samtools的功能扩展而来,所以安装Samtools是必须的前置步骤。 1.1安装Samtools Samtools的安装方式有多种,包括源代码安装、...
● input.sam:输入的 sam 文件。 samtools的sort功能可以将基因组比对文件中的每一条read按照染色体标号(或者是contig标号)以及位置升序排列。只有排序之后的bam文件才能够进行索引。 samtools sort -o sorted_output.bam input.bam ● samtools sort:排序 bam 文件。 ● -o sorted_output.bam:指定输出文件名。 ●...
samtools sort命令时,按默认染色体位置排序,顺利建立Index,如果前面排序有出入,可能不能正确建立索引。 这里我就一次建立索引了。 代码语言:javascript 复制 foriinCK-4CK-7CK-8HGJ-10HGJ-6HGJ-9;dosamtools index./cleandata/samtools_bam/${i}_sort.bam./cleandata/samtools_bam/${i}_sort.bam.bai;done 4...
$ samtools view abc.sort.bam | less -S 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out.bam> <in1.bam> <in2.bam>[...] Options: -n sort by read names -r attach RG tag (i...
sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间。 -n 设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即head...
了解samtools工具的基本用法和参数: samtools是一个用于处理SAM和BAM格式文件的工具集。 sort命令用于对bam文件中的读段进行排序。 准备需要排序的bam文件: 确保你已经有一个需要排序的bam文件,例如input.bam。 使用samtools的sort命令对bam文件进行排序: 默认情况下,samtools会根据读段的左起位置进行排序。 如果需...
samtools的用法简介 1.SAM(sequence Alignment/mapping)数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式,当然他可以用于存放未比对的数据 2.AMTools的主要功能如下: view: BAM-SAM/SAM-BAM 转换和提取部分比对 sort: 比对排序 merge: 聚合多个排序比对
按read name排序:samtools sort -n xxx.sort.bam -o xxx.sortname.bam 然后:samtools fixmate -m xxx.sortname.bam xxx.fixmate.bam 按position排序:samtools sort xxx.fixmate.bam -o xxx.sortposition.bam 最后:samtools markdup -r xxx.sortposition.bam xxx.markdup.bam(-r: 除去重复reads) ...
二、Samtools的用法 1.samtoolsview samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式 ...
samtools sort input.bam -o output.bam 3.索引 生成BAM格式文件的索引: samtools index input.bam 4.过滤 根据比对质量过滤BAM格式文件: samtools view -q 20 input.bam > output.bam 根据比对上下游距离过滤BAM格式文件: samtools view -F 0x4 -f 0x2-b -o output.bam input.bam chr1:1000-2000 ...