$ samtools view abc.sort.bam | less -S 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out.bam> <in1.bam> <in2.bam>[...] Options: -n sort by read names -r attach RG tag (i...
$ samtools view abc.sort.bam | less -S 1. 2. 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out.bam> <in1.bam> <in2.bam>[...] Options: -n sort by read names -r attach RG...
-n Sort by read names (i.e., the QNAME field) rather than by chromosomal coordinates(似乎一般也是使用默认排序,即Sort alignments by leftmost coordinates,因为index需要默认排序…) -@ 设置线程数 -O 输出的格式(sam,bam,cram),默认是bam 使用默认排序: sort-@5tmp.bam>tmp.sorted.bam 5. merge s...
对bam文件进行排序,不能对sam文件进行排序。以leftmost coordinates的方式对比对结果进行排序,或者使用-n参数以read名称进行排序。将会添加适当的@HD-SO排序顺序标头标签或者如果有必要的话,将会更新现存的一个排序顺序标头标签。sort命令的输出默认是标准输出写入,或者使用-o参数时,指定bam文件输出名。sort命令还会在内存...
以leftmost coordinates的方式对比对结果进行排序,或者使用-n参数以read名称进行排序。将会添加适当的@HD-SO排序顺序标头标签或者如果有必要的话,将会更新现存的一个排序顺序标头标签。sort命令的输出默认是标准输出写入,或者使用-o参数时,指定bam文件输出名。sort命令还会在内存不足时创建临时文件tmpprefix.%d.bam ...
-n Sort by read names (i.e., the QNAME field) rather than by chromosomal coordinates(似乎一般也是使用默认排序,即Sort alignments by leftmost coordinates,因为index需要默认排序...) -@ 设置线程数 -O 输出的格式(sam,bam,cram),默认是bam
NGS上机测序前需要进行PCR一步,使一个模板扩增出一簇,从而在上机测序的时候表现出为1个点,即一个reads。若一个模板扩增出了多簇,结果得到了多个reads,这些reads的坐标(coordinates)是相近的。在进行了reads比对后需要将这些由PCR duplicates获得的reads去掉,并只保留最高比对质量的read。使用rmdup命令即可完成. ...
samtools sort对bam文件进行排序,不能对sam文件进行排序。 以leftmost coordinates的方式对比对结果进行排序,或者使用-n参数以read名称进行排序。将会添加适当的@HD-SO排序顺序标头标签或者如果有必要的话,将会更新现存的一个排序顺序标头标签。sort命令的输出默认是标准输出写入,或者使用-o参数时,指定bam文件输出名。sort...
step 2: 寻找 SA coordinates 如果是pair-end 数据(leftRead.fastq和rightRead.fastq)两个文件分别处理;single-end数据则直接处理。 1bwa aln reference.fa leftRead.fastq leftRead.sai 2bwa aln reference.fa rightRead.fastq rightRead.sai 3bwa aln reference.fa singleRead.fastq singleRead.sai ...
Usage:samtools sort [option] <in.bam> -o <out.prefix> -n Sortbyread name#设定排序方式按shortreads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点排序。-m INTSetmaximum memory per thread; suffix K/M/G recognized [768M]# 设置每个线程的最大内存,单位可以是K/M/...