-TPREFIX:把临时文件写到 PREFIX.bam. 里面。这个参数是必须的。 -@INT:设置排序和压缩的线程数,默认是单线程。 -mINT:设置每个线程的最大内存,以 bytes 为单位设定或者添加一个 K, M,或 G 后缀。 -oFILE: 将最后排好序后输出到 FILE 中,而不是标准输出。
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header f...
samtools sort：假设我们有一个bam文件，可以通过以下命令对其排序。为了省去安装等复杂步骤，这里直接使用了下载自 sixoclock软件仓库的 samtools-sort 软件，可前往 传送门免费下载，sixoclock采用了 cwl格式来表示生信流程，所以我们需要单独配置一个samtools-sort运行参数（yaml格式），如下：这里我直接使用...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header f...
-b 创建一个bai索引,默认设定这个参数(如果在命令中没这个参数) 建索引(必须是已经使用默认排序后的): samtools index tmp.bam 4. sort samtools sort [-l level] [-m maxMem] [-o out.bam] [-O format] [-n] [-t tag] [-T tmpprefix] [-@ threads] [in.sam|in.bam|in.cram] ...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。将sam文件转为bam文件(没有header的sam文件不能转换成bam文件) 基本使用方法: samtools view -S test.sam -b > test.bam 将bam文件转为sam文件基本用法: samtools view -h -o test.sam test.bam...
#通过man samtools view 或在samtools说明文档中查看具体参数内容#其它参数的概要内容#The -b, -C, -1, -u, -h, -H, and -c options change the output format from the default of headerless SAM, and the -o and -U options set the output file name(s).#The -t and -T options provide ...
mpileup不使用-u或-g参数时，则不生成二进制的bcf文件，而生成一个文本文件(输出到标准输出)。该文本文件统计了参考序列中每个碱基位点的比对情况；该文件每一行代表了参考序列中某一个碱基位点的比对结果。比如：scaffold_1 2841 A 11 ,,,...,... BHIGDGIJ?FF scaffold_1 2842...
tview: 文本格式查看序列 pileup: 产生基于位置的结果和 consensus/indel calling 3.最常用的三板斧就是格式转换,排序,索引 转换:samtools view -S SRR3589912.sam-b > SRR3589912.bam(-S是最新版的samtools为了兼容以前的版本写的) 排序:samtools sort SRR3589912.bam-o SRR3589912_sorted.bam ...
1、program: samtools (tools for alignments in the sam format) version: 0.1.19-44428cd usage: samtools options command: view sambam conversion sort sort alignment file mpileup multi-way pileup depth compute the depth faidx index/extract fasta tview text alignment viewer index index alignment ...