-TPREFIX:把临时文件写到 PREFIX.bam. 里面。这个参数是必须的。 -@INT:设置排序和压缩的线程数,默认是单线程。 -mINT:设置每个线程的最大内存,以 bytes 为单位设定或者添加一个 K, M,或 G 后缀。 -oFILE: 将最后排好序后输出到 FILE 中,而不是标准输出。
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header f...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 -h print header f...
samtools sort：假设我们有一个bam文件，可以通过以下命令对其排序。为了省去安装等复杂步骤，这里直接使用了下载自 sixoclock软件仓库的 samtools-sort 软件，可前往 传送门免费下载，sixoclock采用了 cwl格式来表示生信流程，所以我们需要单独配置一个samtools-sort运行参数（yaml格式），如下：这里我直接使用...
-n/-t:默认按照染色体位置(最左边的坐标)进行排序。-n是根据read名(QNAME)进行排序,-t 根据TAG进行排序。 -@:线程数。 -m:内存参数,默认是500,000,000,即500M。 (3) 索引 samtools index <in.bam> [out.index] samtools index sample.sorted.bam ...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。将sam文件转为bam文件(没有header的sam文件不能转换成bam文件) 基本使用方法: samtools view -S test.sam -b > test.bam 将bam文件转为sam文件基本用法: samtools view -h -o test.sam test.bam...
-b 创建一个bai索引,默认设定这个参数(如果在命令中没这个参数) 建索引(必须是已经使用默认排序后的): samtools index tmp.bam 4. sort samtools sort [-l level] [-m maxMem] [-o out.bam] [-O format] [-n] [-t tag] [-T tmpprefix] [-@ threads] [in.sam|in.bam|in.cram] ...
1、program: samtools (tools for alignments in the sam format) version: 0.1.19-44428cd usage: samtools options command: view sambam conversion sort sort alignment file mpileup multi-way pileup depth compute the depth faidx index/extract fasta tview text alignment viewer index index alignment ...
硬件参数 部署方式为精简,包含1个管控节点和1个计算节点,规格如下: 管控节点:采用ecs.c7.large实例规格,该规格配置为2 vCPU,4 GiB内存。 计算节点:采用ecs.g7.16xlarge实例规格,该规格配置为64 vCPU、256 GiB内存。 软件参数 镜像选择CentOS 7.6公共镜像,调度器选择slurm,打开VNC开关。
统计功能（Statistics）涉及对BAM文件进行深度统计，例如计算每个位置的测序覆盖深度。bcftools可以处理bcf格式文件，提供SNP和indel的检测和统计功能。最后，Samtools的命令包括samtools view（查看）、tview（查看特定类型）、sort（排序）、index（建立索引）、flagstat（统计flag信息）等，使用时可根据需要选择。