sort命令的输出默认是标准输出写入,或者使用-o参数时,指定bam文件输出名。sort命令还会在内存不足时创建临时文件tmpprefix.%d.bam Usage:samtools sort [-l level] [-m maxMem] [-o out.bam] [-O format] [-n] [-T tmpprefix] [-@ threads] [in.sam|in.bam|in.cram] Options: -m设置每个线程运行...
比如samtool的tview命令就需要;gbrowse2显示reads的比对图形的时候也需要。 Usage: samtools index <in.bam> [out.index] 例子: 以下两种命令结果一样$ samtools index abc.sort.bam $ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai 5. faidx 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能...
比如samtool的tview命令就需要;gbrowse2显示reads的比对图形的时候也需要。 Usage: samtools index <in.bam> [out.index] 例子: 以下两种命令结果一样$ samtools index abc.sort.bam $ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai 5. faidx 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能...
$ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 2. sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下...
$ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2. sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间...
2.Sort 对bam文件进行排序 基本用法: samtools sort -@ 10 -o test.bam test.sam -@ 设置排序和压缩是的线程数量,默认是单线程。-o 输出文件名 3.Merge 当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。Merge命令将多个已经排序后的bam文件合并成为一个排序的且保持...
sort samtools sort -@ 4 d0.sam -o ./d0_sort.bam -T #设置临时文件前缀,将临时文件写入PREFIX.nnnn.bam(排序过程中会产生好多临时文件) -@ #定义命令执行所用的n个线程(排序和压缩) -o #将最终排序输出写入FILE,而非标准输出,设定排序后的输出文件名 ...
使用Samtools sort设置线程数为8,最大内存为4GB对一个BAM文件进行排序: samtools sort -@ 8 -m 4G -i input.bam -o output.bam 4.4根据标签排序 使用Samtools sort按照“Read group”和“Sample name”排序: samtools sort -t RG,SM -iinput.bam -o output.bam 4.5过滤未配对reads 使用Samtools sort过滤掉...
● sort命令(排序) 语法:sort -t 分隔符 -kn1,n2 -nru 这里的n1<n2 -t:分隔符 -n:使用纯数字排序 -r:反向排序 -u:去重复 -kn1,n2:由n1区间排序到n2区间,可以只写-kn1,即对n1字段排序 如果把-nu一起用,sort会把文档中的字母看成0 不加任何选项,则从首字符向后,依次按ASCII码值进行比较,最后按...
-T:PREFIX临时文件前缀 -@:设置排序和压缩的线程数,默认单线程 用法: samtools sort -l 9 -m 90M -n -o test.sort.bam -T sorted -@ 2 test.bam 上述含义是:压缩最高级9、每一个线程内存90Mb、输出文件名test.sort.bam、临时文件前缀sorted、线程数2。