比如samtool的tview命令就需要;gbrowse2显示reads的比对图形的时候也需要。 Usage: samtools index <in.bam> [out.index] 例子: 以下两种命令结果一样$ samtools index abc.sort.bam $ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai 5. faidx 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能...
比如samtool的tview命令就需要;gbrowse2显示reads的比对图形的时候也需要。 Usage: samtools index <in.bam> [out.index] 例子: 以下两种命令结果一样$ samtools index abc.sort.bam $ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai 5. faidx 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能...
$ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 2. sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下...
默认地,samtools 会基于-o文件的扩展名尝试选择一个格式;如果是到标准输出或者格式不能被推测出,-O必须要被指定。 -TPREFIX 把临时文件写到PREFIX.nnnn.bam.里面。这个参数是必须的。 -@INT 设置排序和压缩的线程数,该操作默认是单线程的。 为了和之前的脚本兼容,samtools sort也支持以前的不太灵活的方式去指定...
$ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2. sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间...
sort 是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam $ samtools view abc.sort.bam | less -S $ samtools sort -l 9 -m 90M -o abc.sorted.bam -T sorted -@ 2 abc.bam 3.merge当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。。Merge命令将多个已经排序后的...
2.Sort 对bam文件进行排序 基本用法: samtools sort -@ 10 -o test.bam test.sam -@ 设置排序和压缩是的线程数量,默认是单线程。-o 输出文件名 3.Merge 当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。Merge命令将多个已经排序后的bam文件合并成为一个排序的且保持...
-T:PREFIX临时文件前缀 -@:设置排序和压缩的线程数,默认单线程 用法: samtools sort -l 9 -m 90M -n -o test.sort.bam -T sorted -@ 2 test.bam 上述含义是:压缩最高级9、每一个线程内存90Mb、输出文件名test.sort.bam、临时文件前缀sorted、线程数2。
了解临时文件路径的技巧同样重要，通常在 samtools sort 命令前的 -T 参数中体现。记得使用“scratch file”（临时文件）这一术语，这将帮助你管理文件路径和存储需求。最后，面对解释、用法和实例的需要时，记住一句程序界常言：“RTFM”——阅读官方文档，这是解决问题、深入了解程序的最佳途径。通过仔细...
sort samtools sort -@ 4 d0.sam -o ./d0_sort.bam -T #设置临时文件前缀,将临时文件写入PREFIX.nnnn.bam(排序过程中会产生好多临时文件) -@ #定义命令执行所用的n个线程(排序和压缩) -o #将最终排序输出写入FILE,而非标准输出,设定排序后的输出文件名 ...