将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、BAM或CRAM格式)中的所有对齐打印到SAM格式的标准输出
$ samtools sort abc.bam abc.sort###注意 abc.sort 是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam$ samtools view abc.sort.bam | less -S 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out....
一、安装Samtools sort 安装Samtoolssort前,首先需要安装Samtools。Samtools是一个处理SAM/BAM格式文件的一套基本的命令行工具,包括文件格式转换、排序、索引、过滤等常用功能。因此,Samtools sort也是基于Samtools的功能扩展而来,所以安装Samtools是必须的前置步骤。 1.1安装Samtools Samtools的安装方式有多种,包括源代码安装、...
本篇笔记主要记录samtools的用法。 1. sam文件转化bam bam文件是二进制文件,占用磁盘空间小,运算速度快,samtools操作是针对bam文件的,所以我们要进行数据转化。samtools sort指令可以将bam文件进行排序,这个指令同时也可以将sam文件转化成bam文件: 12345 COPY #!/bin/bashls *.sam | while read iddo samtools sort...
samtools 有39个子命令,但是最常用的功能就是对bam文件排序后构建索引,然后进行后续的生物信息学分析。也就是我们常说的 samtools三步曲:sam转bam,bam排序,bam建索引(旧版本),但是目前samtoools 对sam 文件进行 sort 排序的时候是可以直接输出bam的,因此可以缩减为2步——sam排序输出bam、bam建索引 ...
1.排序proc sort proc sort在按数据集中某一个变量或几个变量的升序或降序将记录重新排列,并把结果保存在输出数据集中,如果不另外指定输出数据集,则覆盖输入数据集。 在data步和proc步某些操作中,当需要用到by语句时,一般都需要源数据集按照by语句中的变量事先排序,这里就需要用到proc sort。
samtools对bam文件进行排序 001、 按照默认方式排序,并输出bam samtools sort -o output.bam input.bam 002、 按照read name方式排序,并输出bam amtools sort -n -o output.bam input.bam 。
samtools sort -@ 10 -o test.bam test.sam -@ 设置排序和压缩是的线程数量,默认是单线程。-o 输出文件名3.Merge 当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。Merge命令将多个已经排序后的bam文件合并成为一个排序的且保持所有输入记录并保持现有排序顺序的bam文件。
samtools view abc.sort.bam | less -S 2、samtools还有个非常重要的命令mpileup，以前为pileup。该命令用于生成bcf文件，再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。bcftools是samtool中附带的软件，在samtools的安装文件夹中可以找到。最常用的参数有2： -f 来输入有索引文件的fasta参考序列； -g 输出到bcf...
Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间。 -n 设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点...