sort命令的输出默认是标准输出写入,或者使用-o参数时,指定bam文件输出名。sort命令还会在内存不足时创建临时文件tmpprefix.%d.bam Usage:samtools sort [-l level] [-m maxMem] [-o out.bam] [-O format] [-n] [-T tmpprefix] [-@ threads] [in.sam|in.bam|in.cram] Options: -m设置每个线程运行...
samtools sort [-llevel] [-mmaxMem] [-oout.bam] [-Oformat] [-n]-Tout.prefix[-@threads] [in.bam] 对序列进行排序。默认通过最左边的坐标排序;当使用-n时,通过read的名字排序。 一个相应的@HD-SO排序顺序标签会被添加在头文件里面,或者如果必要的话会更新已经存在的标签。 排好序后默认输出到标准...
samtools sort-@4d0.sam-o./d0_sort.bam-T#设置临时文件前缀,将临时文件写入PREFIX.nnnn.bam(排序过程中会产生好多临时文件)-@#定义命令执行所用的n个线程(排序和压缩)-o #将最终排序输出写入FILE,而非标准输出,设定排序后的输出文件名-O#将最终输出写为sam、bam或cram格式(文件名后缀也可以自动识别)-m #...
了解临时文件路径的技巧同样重要，通常在 samtools sort 命令前的 -T 参数中体现。记得使用“scratch file”（临时文件）这一术语，这将帮助你管理文件路径和存储需求。最后，面对解释、用法和实例的需要时，记住一句程序界常言：“RTFM”——阅读官方文档，这是解决问题、深入了解程序的最佳途径。通过仔细...
主要参数释义: -l:设置文件压缩等级,0不压缩,9压缩最高 -m:每个线程运行内存大小(可使用K M G表示) -n:按照read名称进行排序 -o:排序后的输出文件 -T:PREFIX临时文件前缀 -@:设置排序和压缩的线程数,默认单线程 用法: samtools sort -l 9 -m 90M -n -o test.sort.bam -T sorted -@ 2 test.bam...
samtools sort [-llevel] [-mmaxMem] [-oout.bam] [-Oformat] [-n] [-Ttmpprefix] [-@threads] [in.sam|in.bam|in.cram] 参数: -l INT 设置输出文件压缩等级。0-9,0是不压缩,9是压缩等级最高。不设置此参数时,使用默认压缩等级;
Samtools sort支持多种参数设置,用于指定输入输出文件、排序方式、线程数、内存使用等。 3.1基本参数 -i输入文件:指定输入的SAM或BAM格式文件。例如,-i input.bam。 -o输出文件:指定输出的SAM或BAM格式文件。例如,-o output.bam。 3.2排序方式参数 -n按名称排序:以序列名称(chromosome name)为基础排序。 -t tagn...
samtools sort test.bam default 参数-n则是根据read名进⾏排序。samtools sort -n test.bam sort_left 5.samtools的view不就可以进⾏格式转换，还可以进⾏数据的提取 例：提取1号染⾊体上1234~123456区域的以对read samtools view SRR3589957_sorted.bam chr1:1234-123456 | head ...
2.Sort对bam文件进行排序 基本用法: samtools sort -@ 10 -o test.bam test.sam-@ 设置排序和压缩是的线程数量,默认是单线程。-o 输出文件名3.Merge当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。Merge命令将多个已经排序后的bam文件合并成为一个排序的且保持所有...