sort命令的输出默认是标准输出写入,或者使用-o参数时,指定bam文件输出名。sort命令还会在内存不足时创建临时文件tmpprefix.%d.bam Usage:samtools sort [-l level] [-m maxMem] [-o out.bam] [-O format] [-n] [-T tmpprefix] [-@ threads] [in.sam|in.bam|in.cram] Options: -m设置每个线程运行...
samtools sort [-llevel] [-mmaxMem] [-oout.bam] [-Oformat] [-n]-Tout.prefix[-@threads] [in.bam] 对序列进行排序。默认通过最左边的坐标排序;当使用-n时,通过read的名字排序。 一个相应的@HD-SO排序顺序标签会被添加在头文件里面,或者如果必要的话会更新已经存在的标签。 排好序后默认输出到标准...
比如samtool的tview命令就需要;gbrowse2显示reads的比对图形的时候也需要。 Usage: samtools index <in.bam> [out.index] 例子: 以下两种命令结果一样$ samtools index abc.sort.bam $ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai 5. faidx 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能...
按read name排序:samtools sort -n xxx.sort.bam -o xxx.sortname.bam 然后:samtools fixmate -m xxx.sortname.bam xxx.fixmate.bam 按position排序:samtools sort xxx.fixmate.bam -o xxx.sortposition.bam 最后:samtools markdup -r xxx.sortposition.bam xxx.markdup.bam(-r: 除去重复reads) (5) 合并 ...
samtools sort[-l level][-m maxMem][-o out.bam][-Oformat][-n][-Ttmpprefix][-@ threads][in.sam|in.bam|in.cram] 重要参数: 代码语言:javascript 复制 -lINT设置输出文件压缩等级。0-9,0是不压缩,9是压缩等级最高。不设置此参数时,使用默认压缩等级;-mINT设置每个线程运行时的内存大小,可以使用...
了解临时文件路径的技巧同样重要，通常在 samtools sort 命令前的 -T 参数中体现。记得使用“scratch file”（临时文件）这一术语，这将帮助你管理文件路径和存储需求。最后，面对解释、用法和实例的需要时，记住一句程序界常言：“RTFM”——阅读官方文档，这是解决问题、深入了解程序的最佳途径。通过仔细...
samtools sort [-llevel] [-mmaxMem] [-oout.bam] [-Oformat] [-n] [-Ttmpprefix] [-@threads] [in.sam|in.bam|in.cram] 参数: -l INT 设置输出文件压缩等级。0-9,0是不压缩,9是压缩等级最高。不设置此参数时,使用默认压缩等级;
6其余子命令参数及用法 sort 代码语言:javascript 复制 samtools sort-@4d0.sam-o./d0_sort.bam-T#设置临时文件前缀,将临时文件写入PREFIX.nnnn.bam(排序过程中会产生好多临时文件)-@#定义命令执行所用的n个线程(排序和压缩)-o #将最终排序输出写入FILE,而非标准输出,设定排序后的输出文件名-O#将最终输出写...
Samtools sort支持多种参数设置,用于指定输入输出文件、排序方式、线程数、内存使用等。 3.1基本参数 -i输入文件:指定输入的SAM或BAM格式文件。例如,-i input.bam。 -o输出文件:指定输出的SAM或BAM格式文件。例如,-o output.bam。 3.2排序方式参数 -n按名称排序:以序列名称(chromosome name)为基础排序。 -t tagn...