samtools sort参数 samtools sort # 对bam文件进行排序(sam文件排序不会变) -l # 设置输出文件压缩等级,0-9,0是不压缩,9是最高等级压缩 -@ # 设置线程数 -o # 设置排序后输出的文件名 最后接输入的bam或者sam格式文件 2. 构建索引文件 2.1 构建bam文件索引 ...
sort命令的输出默认是标准输出写入,或者使用-o参数时,指定bam文件输出名。sort命令还会在内存不足时创建临时文件tmpprefix.%d.bam Usage:samtools sort [-l level] [-m maxMem] [-o out.bam] [-O format] [-n] [-T tmpprefix] [-@ threads] [in.sam|in.bam|in.cram] Options: -m设置每个线程运行...
比如samtool的tview命令就需要;gbrowse2显示reads的比对图形的时候也需要。 Usage: samtools index <in.bam> [out.index] 例子: 以下两种命令结果一样$ samtools index abc.sort.bam $ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai 5. faidx 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能...
samtools sort [-llevel] [-mmaxMem] [-oout.bam] [-Oformat] [-n]-Tout.prefix[-@threads] [in.bam] 对序列进行排序。默认通过最左边的坐标排序;当使用-n时,通过read的名字排序。 一个相应的@HD-SO排序顺序标签会被添加在头文件里面,或者如果必要的话会更新已经存在的标签。 排好序后默认输出到标准...
samtoolssort-@4-o sample.sorted.bam sample.sam -o:输出文件的名字。 -O:指定输出格式 sam/bam/cram。默认基于-o文件的扩展名选择一个格式,如.bam。如果格式无法推测,则需要指定-O。 -n/-t:默认按照染色体位置(最左边的坐标)进行排序。-n是根据read名(QNAME)进行排序,-t 根据TAG进行排序。
了解临时文件路径的技巧同样重要，通常在 samtools sort 命令前的 -T 参数中体现。记得使用“scratch file”（临时文件）这一术语，这将帮助你管理文件路径和存储需求。最后，面对解释、用法和实例的需要时，记住一句程序界常言：“RTFM”——阅读官方文档，这是解决问题、深入了解程序的最佳途径。通过仔细...
如果你记住了 RTFM ，你还会通过 samtools sort 那行前面的 -T 知道后面是什么东西[2]<scratchPath> ...
samtools sort [-T out.prefix][-@ threads][-m maxMem][-o out.sorted.bam][in.bam] sort命令也很强大,可以对bam文件中的序列进行排序,默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点排序。 @ 用于设置线程数 m 用于设置最大内存资源量 ...
Samtools sort支持多种参数设置,用于指定输入输出文件、排序方式、线程数、内存使用等。 3.1基本参数 -i输入文件:指定输入的SAM或BAM格式文件。例如,-i input.bam。 -o输出文件:指定输出的SAM或BAM格式文件。例如,-o output.bam。 3.2排序方式参数 -n按名称排序:以序列名称(chromosome name)为基础排序。 -t tagn...