samtools flagstat cleandata/samtools_bam/CK-4_sort.bam 代码语言:javascript 复制 (RNAseq1)[root@localhost RNAseq]# samtools flagstat cleandata/samtools_bam/CK-4_sort.bam51977802+0intotal(QC-passed reads+QC-failed reads)#总共的reads数4063860+0secondary0+0supplementary0+0duplicates50969572+0mapped(...
samtools选项参数: -o:输出结果文件 -O:输出文件格式 -@:线程数目 --reference:参考序列 案例一:sam和bam格式转换 samtools view -Sb -o A1.bam /ifs1/Sequencing/A1.sam 案例二:排序 samtools sort -@ 4 -m 12G -O bam -o A1.sorted.bam A1.bam 案例三:建立索引 samtools faidx ref.fna samtools...
samtools sort：假设我们有一个bam文件，可以通过以下命令对其排序。为了省去安装等复杂步骤，这里直接使用了下载自 sixoclock软件仓库的 samtools-sort 软件，可前往 传送门免费下载，sixoclock采用了 cwl格式来表示生信流程，所以我们需要单独配置一个samtools-sort运行参数（yaml格式），如下：这里我直接使用...
samtools sort [-llevel] [-mmaxMem] [-oout.bam] [-Oformat] [-n] [-Ttmpprefix] [-@threads] [in.sam|in.bam|in.cram] 参数: -l INT 设置输出文件压缩等级。0-9,0是不压缩,9是压缩等级最高。不设置此参数时,使用默认压缩等级; -m INT 设置每个线程运行时的内存大小,可以使用K,M和G表示内...
samtools sort -@ 10 -o test.bam test.sam -@ 设置排序和压缩是的线程数量,默认是单线程。-o 输出文件名 3.Merge 当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。Merge命令将多个已经排序后的bam文件合并成为一个排序的且保持所有输入记录并保持现有排序顺序的bam文件...
按read name排序:samtools sort -n xxx.sort.bam -o xxx.sortname.bam 然后:samtools fixmate -m xxx.sortname.bam xxx.fixmate.bam 按position排序:samtools sort xxx.fixmate.bam -o xxx.sortposition.bam 最后:samtools markdup -r xxx.sortposition.bam xxx.markdup.bam(-r: 除去重复reads) ...
Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间。 -n 设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点...
-p 与-c参数类似,对于要合并的每一个文件中的@PG ID只保留第一个文件中的@PG merge前必须是已经sort的文件,如果只是单纯的merge: samtools merge tmp1.bam tmp2.bam 6. mpileup samtools mpileup [-EBugp] [-C capQcoef] [-r reg] [-f in.fa] [-l list] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ] in....
常用参数: -@ INT# 设置读取文件时要使用的额外线程数。 -O FORMAT# 设置输出格式。FORMAT可以设置为'default', 'json'或'tsv'来选择默认的,json或标签分隔值输出格式。如果不使用此选项,将选择默认格式。 3.merge和cat merge将多个已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了...