samtools sort命令时,按默认染色体位置排序,顺利建立Index,如果前面排序有出入,可能不能正确建立索引。 这里我就一次建立索引了。 代码语言:javascript 复制 foriinCK-4CK-7CK-8HGJ-10HGJ-6HGJ-9;dosamtools index./cleandata/samtools_bam/${i}_sort.bam./cleandata/samtools_bam/${i}_sort.bam.bai;done 4...
samtools view -q 30 test.bam |awk '{print $1,$5}'|head -3 筛选出比对成功,但是并不是完全匹配的序列 基本用法: samtools view -F 4 test.bam |awk '{print $6}'|grep '[IDNSHPX]'|head -5 2.Sort 对bam文件进行排序 基本用法: samtools sort -@ 10 -o test.bam test.sam -@ 设置排序...
samtools sort -n tmp.bam -o tmp.sort.bam samtools view tmp.sort.bam 3.samtools index 必须对bam文件进行默认情况下的排序后,才能进行index。否则会报错。建立索引后将产生后缀为.bai的文件,用于快速的随机处理。很多情况下需要有bai文件的存在,特别是显示序列比对情况下。比如samtool的tview命令就需要;gbrowse...
● samtools view -S -b:将 sam 文件转换为 bam 格式。 ● -o output.bam:指定输出的 bam 文件名。 ● input.sam:输入的 sam 文件。 samtools的sort功能可以将基因组比对文件中的每一条read按照染色体标号(或者是contig标号)以及位置升序排列。只有排序之后的bam文件才能够进行索引。 samtools sort -o sorted...
samtools sort aln.bam anl.sorted 默认是根据coordinate进行sort, 如果输入bam文件为in.bam , 则输出文件名为in.sorted.bam 如果要按照read name进行sort, 需要加-n, 如heseq-count 就要求文件时按照read name 而不是coordinate。 samtools sort -n aln.bam anl.sorted ...
samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2.Sort sort对bam文件进行排序。一些软件需要sort的bam或者sam文件,如stringtie,所以必须要sort使用;求depth时,也必须要sort; Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> ...
samtools sort-@4d0.sam-o./d0_sort.bam-T#设置临时文件前缀,将临时文件写入PREFIX.nnnn.bam(排序过程中会产生好多临时文件)-@#定义命令执行所用的n个线程(排序和压缩)-o #将最终排序输出写入FILE,而非标准输出,设定排序后的输出文件名-O#将最终输出写为sam、bam或cram格式(文件名后缀也可以自动识别)-m #...
samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2.Sort sort对bam文件进行排序。一些软件需要sort的bam或者sam文件,如stringtie,所以必须要sort使用;求depth时,也必须要sort; Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> ...
samtools view input.bam > output.sam 2.排序 将BAM格式文件按照染色体位置排序: samtools sort input.bam -o output.bam 3.索引 生成BAM格式文件的索引: samtools index input.bam 4.过滤 根据比对质量过滤BAM格式文件: samtools view -q 20 input.bam > output.bam ...
samtools sort test.bam default 参数-n则是根据read名进⾏排序。samtools sort -n test.bam sort_left 5.samtools的view不就可以进⾏格式转换，还可以进⾏数据的提取 例：提取1号染⾊体上1234~123456区域的以对read samtools view SRR3589957_sorted.bam chr1:1234-123456 | head ...