$ samtools view lane.bam scaffold1:30000-100000 $gt; scaffold1_30k-100k.sam (8)根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 $ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam (9)sam 和 bam 格式转换 #BAM转换为SAM $ samtools view -h -o out.sam out.bam #SA...
samtools view -S -b -o output.bam input.sam ● samtools view -S -b:将 sam 文件转换为 bam 格式。 ● -o output.bam:指定输出的 bam 文件名。 ● input.sam:输入的 sam 文件。 samtools的sort功能可以将基因组比对文件中的每一条read按照染色体标号(或者是contig标号)以及位置升序排列。只有排序之后...
samtools tview Usage: samtools tview [options] <aln.bam> [ref.fasta] Options: -d display output as (H)tml or (C)urses or (T)ext -p chr:pos go directly to this position -s STR display only reads from this sample or group --input-fmt-option OPT[=VAL] Specify a single input fi...
$ samtools view-h-oout.samout.bam #SAM转换为BAM $ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref.fa samtools view-btref.fa.faiout.sam>out.bam 2. sort 对bam文件进行排序,不能对sam文件进行排序。以lef...
view主要用途有两个 ,一是文件SAM和BAM之间的格式转换 ,二是查看二进制文件 stats:生成关于比对数据的统计信息,如测序覆盖度、比对质量等 faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 ...
samtools view -bS abc.sam > abc.bam # BAM转换为SAM samtools view -h -o out.sam out.bam # 提取比对到参考序列上的比对结果 samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam # 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 samtools view -bF 12...
samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 具体例子: 2.samtools sort samtools sort用来对SAM/BAM/CRAM文件进行排序,按最左坐标排序,或使用-n时按读取名称排序。默认情况下,排序后的输出被写到标准输出,或者在使用-o时写到指定的文件(out.bam)。此命令还将创建临时文件tmpprefixv...
samtools view -O BAM input.sam > output.bam 这种情况下,不必使用-h参数,生成的bam文件中会自动带有之前文件中的header 使用四 : bam ---> sam samtools view -h input.bam > output.sam 使用五 : 查看匹配到某一染色或某一染色体某一段的序列 ...
samtools view-Tgenome.fasta-h scaffold1.sam>scaffold1.h.sam 具体例子: 2.samtools sort 代码语言:javascript 复制 samtools sort用来对SAM/BAM/CRAM文件进行排序,按最左坐标排序,或使用-n时按读取名称排序。默认情况下,排序后的输出被写到标准输出,或者在使用-o时写到指定的文件(out.bam)。此命令还将创建临...
使用samtools工具处理sam或bam文件，可以执行如转换文件格式、排序、合并lane数据、添加头部信息等操作。例如，通过`samtools view -o output.sam input.sam`可以进行格式转换，`samtools sort input.sam -o sorted.bam`用于排序，`samtools index sorted.bam`则用于建立索引。尽管比对工具可以直接输出排序和...