通过这种方式指定一个基因组区间,samtools view便会返回跟这个区间存在重叠(overlap)的比对(alignment,一个alignment即对应BAM文件数据区块中的一行)。 当然这里选择的是与这单个碱基存在overlap的所有alignment,该碱基位置的选择并没有特殊含义。 samtools view -bh -o test/pileup/example.bam --tag CB:AAAGAACCAATG...
1、使用blast确定primer比对到的序列,并获得靶序列在基因组/转录组上的区间(参考链接、参考链接)) 2、使用samtools view根据上一步获得的区间,将高通量数据中的靶序列的比对情况提取出来 3、使用featurecount对这部分bam文件进行重新定量 方法 1. 安装blast #构建conda环境 conda create -n blast conda activate bla...
1. view view命令的主要功能是查看bam和sam文件的内容。 bam文件是sam文件的二进制格式,占用空间小,运算速度快。 view命令的用法和常用参数: Usage:samtools view[options]<in.bam>|<in.sam>[region[...]]默认情况下不加region,则是输出所有的region.Options:-b 默认输出sam格式文件,该参数设置输出bam格式-h ...
samtools view -h RNA-seq.bam >RNA-seq.sam 2.1.2) 将sam文件转化为bam文件,-b意思使输出使BAM format,-S意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t samtools view -bS RNA-seq.sam > sample.bam 2.1.3) 提取某个区间的比对结果(需要索引文件) samtools view -hb RNA-seq.bam 'chr17:40465680-404658...
ppps. 学一个单词 scratch file 临时文件 最后，你想要的解释、用法、实例，都可以用一个程序界有一句...
view samtools view [options]in.bam|in.sam|in.cram[region...] 如果没有指定参数或者区域,这条命令会以SAM格式(不含头文件)打印输入文件(SAM,BAM或CRAM格式)里的所有比对到标准输出。 你可以在输入文件的文件名后面指定一个或多个以空格分隔的区域来限制输出,这样只会输出落在指定区域内的比对。要指定区域,...
1. view view命令的主要功能是查看bam和sam文件的内容。 bam文件是sam文件的二进制格式,占用空间小,运算速度快。 view命令的用法和常用参数: Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region [...]] 默认情况下不加region,则是输出所有的region. ...
samtools view -@ 8 -Sb SRR328680${i}.sam > SRR328680${i}.bam samtools sort -@ 8 -n SRR328680${i}.bam > SRR328680${i}.n.bam done #sh 1.sh 5.计算表达量 5.1.安装FeatureCounts #export PATH=~/home/radish/bio_soft/subread-1.6.0-Linux-x86_64/bin:$PATH ...
samtools view -S -b -o output.bam input.sam ● samtools view -S -b:将 sam 文件转换为 bam 格式。 ● -o output.bam:指定输出的 bam 文件名。 ● input.sam:输入的 sam 文件。 samtools的sort功能可以将基因组比对文件中的每一条read按照染色体标号(或者是contig标号)以及位置升序排列。只有排序之后...
ppps. 学一个单词 scratch file 临时文件 最后，你想要的解释、用法、实例，都可以用一个程序界有一句...