如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、BAM或CRAM格式)中的所有对齐打印到SAM格式的标准输出(没有标头)。可以在输入文件名后指定一个或多个空格分隔的区域规范,以将输出限制为仅覆盖指定区域的那些对齐。使用区域规范需要一个协调排序和索引的输入文件(BAM或CRAM格式)。samtools view的参数很多,-b、-...
1 samtools view aln.sorted.bam chr2:20,100,000-20,200,000 于是聪明的我也跟着命令搜索了这段区域的序列,结果报错:[main_samview] region "chr2:20,100,000-20,200,000" specifies an unknown reference name. Continue anyway. 搜索了一堆资料后,直到遇见了这个问题,里面有一句话是这么说的:there is ...
$ samtools view-b-F12lane.sam>all.mapped.read1.read2.bam (6)提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果,并保存到sam文件格式 $ samtools view lane.bam scaffold1>scaffold1.sam (7)提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 $ samtools view lane.bam scaffold1:30000-100000$gt;scaffold1_30k-10...
若仅提取单个位置区域的reads,则可使用命令: samtools view input.bam "Chr10:18000-45500" > output.bam 或者 samtools view -b -o output.bam input.bam Chr10:18000-45500 进行排序:samtools sort -o sorted_output.bam output.bam进行索引:samtools index sorted_output.bam串联在一起:samtools view -b -...
它可以在这些格式之间进行转换,执行排序、合并和构建索引,还能快速检索任何区域的读取数据。其包含有许多子命令: sort用于对文件进行排序 index生成索引文件 view主要用途有两个 ,一是文件SAM和BAM之间的格式转换 ,二是查看二进制文件 stats:生成关于比对数据的统计信息,如测序覆盖度、比对质量等...
samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam # 提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果,并保存到sam文件格式 samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam # 提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000$gt; scaffold1_30k-100k.sam ...
samtools view是一个用于查看和过滤SAM/BAM文件的命令行工具。它可以根据不同的选项来选择性地查看和提取SAM/BAM文件中的reads。 基本的用法是: ``` samtools view [options] ``` 其中,``是要查看的SAM/BAM文件的路径。 常用的选项包括: - `-b`:将输出格式设置为BAM格式。 - `-h`:输出文件中包含头部...
1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。
samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam # 提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果,并保存到sam文件格式 samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam # 提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000$gt; scaffold1_30k-100k.sam ...
$ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam #根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 samtools的view不就可以进行格式转换,还可以进行数据的提取 例:提取1号染色体上1234~123456区域的以对read samtools view SRR3589957_sorted.bam chr1:1234-123456| head ...