samtools view -q 30 input.bam 提取比对到特定染色体(如chr1)的序列: bash samtools view -c chr1 input.bam 提取比对位置在特定区域(如chr1:1000-2000)的序列: bash samtools view input.bam chr1:1000-2000 检查提取结果,确保满足指定条件: 提取结果可以通过查看输出来验证。如果结果量很大,可以先使...
$ samtools view lane.bam scaffold1>scaffold1.sam (7)提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 $ samtools view lane.bam scaffold1:30000-100000$gt;scaffold1_30k-100k.sam (8)根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 $ samtools view-Tgenome.fasta-h scaffold1.sam>scaffold1.h.sa...
samtools view -b your_file.bam chr1 > chr1_reads.bam 这样就只保留染色体 1 上的 reads,并输出到 chr1_reads.bam 文件中。 如果你想只保留特定基因组区域的 reads,可以指定该区域。例如,保留染色体 1 上 100000 到 200000 位点之间的 reads: samtools view -b your_file.bam chr1:100000-200000 > ...
view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独...
samtools view是一个用于查看和过滤SAM/BAM文件的命令行工具。它可以根据不同的选项来选择性地查看和提取SAM/BAM文件中的reads。 基本的用法是: ``` samtools view [options] ``` 其中,``是要查看的SAM/BAM文件的路径。 常用的选项包括: - `-b`:将输出格式设置为BAM格式。 - `-h`:输出文件中包含头部...
1、view 主要功能:sam和bam文件之间相互转换,针对bam文件进行相关操作。bam文件是sam文件的二进制格式,占据内存较小且运算速度快。 查看view的主要参数: 重要参数释义: -b:输出bam格式,用于后续分析 -C:输出CRAM文件 -1:快速压缩(需要-b) -u:输出未压缩的bam文件,节约时间,占据较多磁盘空间(需要-b) ...
1.samtools view samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输...
提取的区域结果后可以生成bam文件存放:$ samtools view -b NA12891_CEU_sample.bam 1:200000000-250000000 > test.bam 此外,我们也可以通过存储区域信息的BED文件来指定需要提取的区域:$ samtools view -L USH2A_exons.bed NA12891_CEU_sample.bam | head -n3 | cut -f1-9 SRR003214.11652876 163 1 ...
#得到指定位置的sam文件 $samtools viewfile.sort.bam Chr1:1-5000 –ofile.position.sam 5.对多个read重复mapping 到基因组上同一个区域时,只保留匹配度最高的 1 $samtools rmdupfile.bamfile.rmdup.bam 6.合并某个样本的多个重复实验的bam文件 前提:bam文件已排序 ...
samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam # 提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000$gt; scaffold1_30k-100k.sam # 根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam...