samtools index -@ 8 test.sorted.bam 默认在当前文件夹产生*.bai的index文件 对samtools 的介绍到此告一段落,以后有需要再来更新。 ref samtools sort manual:http://www.htslib.org/doc/samtools-sort.html samtools index manual:http://www.htslib.org/doc/samtools-index.html samtools Tutorial:http://quin...
使用bwa,hisat2等比对软件,常会得到sam文件,此文是对多个sam转化/排序/建立index的命令 vim sam2bam.sh#按一下i进入编辑模式,写入以下内容!/bin/bashforiinY51015cold-1Y51015cold-2#sam文件的名字dosamtools view-@30-bS ${i}.sam|samtools sort-@30-o ${i}.sort.bam $#转化并排序done samtools vi...
2 convert the aligned reads from the SAM file format to BAM(将SAM格式转换为BAM格式) 3 sort and index the BAM file (index该怎么翻译呢?) 4 identify genomic variants(变异检测) 5 visualize the reads and genomic variants(可视化) (接下来原文用wgsim模拟生成了原始的reads,直接跳过这一部分) Bowtie...
samtools index: "SORT.0.bam" is corrupted or unsorted (I assumeSORT.0.bamis the same file asout.sorted.bam?) “16” refers to 6B_concat, probably the last record that you saw withtail, and apparently it comes after a REF*record (-1). This is the lack of sortedness that the inde...
2.2.4)samtools index RNA-seq.bam #对比对文件建立索引 2.3)格式转换 -- File operations collate shuffle and group alignments by name cat concatenate BAMs merge merge sorted alignments mpileup multi-way pileup sort sort alignment file split splits a file by read group ...
samtools sort test.bam -o test.sort.bam 3、index 主要功能:对bam文件建立索引,但在此之前必须进行排序(sort),生成后缀是.bai的文件。 参数释义: -b:创建一个.bai格式的索引文件(默认) -c:创建.csi格式的索引文件 -m:创建.csi文件,索引的最小间隔值 ...
Usage: samtools sort [options...] [in.bam] Options: -l INT Set compression level, from 0 (uncompressed) to 9 (best) -m INT Set maximum memory per thread; suffix K/M/G recognized [768M] -n Sort by read name -t TAG Sort by value of TAG. Uses position as secondary index (or ...
samtools index d0_sort.bam BWA本身不直接输出BAM文件。它通常输出SAM格式的文件,用于存储序列比对结果。但是SAM文件比较占用空间,为了得到BAM格式的文件(一种更紧凑的二进制格式),通常通道符叠加使用samtools 将BWA的输出从SAM格式转换为BAM格式 ##和bwa联用示例 ...
$ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai 1. 2. 3. 5. faidx 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 Usage: samtools faidx <in.bam> [ [...]] 对基因组文件建立索引 ...
sort命令的输出默认是标准输出写入,或者使用-o参数时,指定bam文件输出名。sort命令还会在内存不足时创建临时文件tmpprefix.%d.bam Options: -m 设置每个线程运行时的内存大小,可以使用K,M和G表示内存大小。默认下是 500,000,000 即500M。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间。 -n 设置按照...