使用bwa,hisat2等比对软件,常会得到sam文件,此文是对多个sam转化/排序/建立index的命令 vim sam2bam.sh#按一下i进入编辑模式,写入以下内容!/bin/bashforiinY51015cold-1Y51015cold-2#sam文件的名字dosamtools view-@30-bS ${i}.sam|samtools sort-@30-o ${i}.sort.bam $#转化并排序done samtools vi...
2 convert the aligned reads from the SAM file format to BAM(将SAM格式转换为BAM格式) 3 sort and index the BAM file (index该怎么翻译呢?) 4 identify genomic variants(变异检测) 5 visualize the reads and genomic variants(可视化) (接下来原文用wgsim模拟生成了原始的reads,直接跳过这一部分) Bowtie...
ll -h cleandata/samtools_bam/*sort.bam sort后文件几乎小了2倍。 3. 建立索引(samtools index) samtools sort命令时,按默认染色体位置排序,顺利建立Index,如果前面排序有出入,可能不能正确建立索引。 这里我就一次建立索引了。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制Cloud Studio 代码运行 for i in CK-4 ...
2.2.3)samtools fqidx longreads.fq #对fastq建立索引 2.2.4)samtools index RNA-seq.bam #对比对文件建立索引 2.3)格式转换 -- File operations collate shuffle and group alignments by name cat concatenate BAMs merge merge sorted alignments mpileup multi-way pileup sort sort alignment file split splits...
3 sort and index the BAM file (index该怎么翻译呢?) 4 identify genomic variants(变异检测) 5 visualize the reads and genomic variants(可视化) (接下来原文用wgsim模拟生成了原始的reads,直接跳过这一部分) Bowtie2将reads比对到参考基因组之前,首先要index参考基因组 ...
samtools index: "SORT.0.bam" is corrupted or unsorted (I assumeSORT.0.bamis the same file asout.sorted.bam?) “16” refers to 6B_concat, probably the last record that you saw with tail, and apparently it comes after a REF * record (-1). This is the lack of ...
samtools sort test.bam -o test.sort.bam 3、index 主要功能:对bam文件建立索引,但在此之前必须进行排序(sort),生成后缀是.bai的文件。 参数释义: -b:创建一个.bai格式的索引文件(默认) -c:创建.csi格式的索引文件 -m:创建.csi文件,索引的最小间隔值 ...
samtools的sort功能可以将基因组比对文件中的每一条read按照染色体标号（或者是contig标号）以及位置升序排列...
samtools index d0_sort.bam BWA本身不直接输出BAM文件。它通常输出SAM格式的文件,用于存储序列比对结果。但是SAM文件比较占用空间,为了得到BAM格式的文件(一种更紧凑的二进制格式),通常通道符叠加使用samtools 将BWA的输出从SAM格式转换为BAM格式 ##和bwa联用示例 ...
samtools sort-n tmp.bam-o tmp.sort.bam samtools view tmp.sort.bam 3.samtools index 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 必须对bam文件进行默认情况下的排序后,才能进行index。否则会报错。建立索引后将产生后缀为.bai的文件,用于快速的随机处理。很多情况下需要有bai文件的存在,特别...