samtools index 建立索引,在建立索引之前应该先对bam文件进行排序。必须对bam文件进行 默认情况下的排序后 ,才能进行index。否则会报错。 建立索引后将产生后缀为.bai的文件,用于快速的随机处理。很多情况下需要有bai文件的存在,特别是显示序列比对情况下。比如samtool的tview命令就需要;gbrowse2显示reads的比对图形的时...
Usage: samtools index <in.bam> [out.index] 例子: 以下两种命令结果一样 $ samtools index abc.sort.bam $ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai 5.faidx 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 Usage: samtools faidx <...
把RG 标签和 colliding IDs 结合,而不是添加一个后缀去区分它们。 -p 把PG 标签和 colliding IDs 结合,而不是添加一个后缀去区分它们。 index samtools index [-bc] [-mINT]aln.bam|aln.cram 为按坐标排好序的 BAM 或 CRAM 文件,用以快速随机访问。下列情况是需要这个索引的:用region参数限制了samtools vi...
默认在当前文件夹产生*.bai的index文件。总结：关于samtools的介绍到此告一段落，samtools sort用于对bam文件进行排序，samtools index用于对排序后的bam文件进行index，以便后续的分析步骤。ref六：sixbox：sixoclock.net/support-c... samtools-sort.cwl：sixoclock.net/apps/caea... samtools-index.cwl...
注意 :使用此命令之前必须先samtools index。 Options: -a 输出所有位点,包括零深度的位点;-a –a,--aa 完全输出所有位点,包括未使用到的参考序列; -b FILE 计算BED文件中指定位置或区域的深度; -f FiLE 使用在FILE中的指定bam文件; -I INT 忽略掉小于此INT值的reads; -q INT 只计算碱基质量值大于此值...
index 为sort后的bam文件建立所以,这是在 view 比对结果时指定染色体区域必须做的。 samtools index aln.sorted.bam rmdup 去除可能的PCR重复。将比对到相同位置的reads去重,仅保留比对质量最好的一个。一般只对paired end reads(fr)有效,并须指定ISIZE。
bowtie和samtools在tophat中的使用情况介绍 Bowtie介绍 1 Bowtie和一般的比对工具不一样，他适用于短reads比对到大的基因组上，尽管它也支持小的参考序列像amplicons和长达1024的reads。Bowtie采用基因组索引和reads的数据集作为输入文件并输出比对的列表。Bowtie设计思路是，1）短序列在基因组上至少有一处最适匹配...
-f 后跟参考序列，序列文件必须提前建好index。-E， Extended BAQ（base alignment quality） computation, 如果有的话，会提高检测出MNPs的灵敏度，当然会轻微的减下特异度。-g Compute genotype likelihoods and output them in the binary call format(BCF).-D Output per-sample read depth > 是将...
Samtools将会检查当前工作目录中的index文件,如果确实将会下载。除非要求它检索整个序列文件,否则不会这样做。 命令和选项: 1)samtools view [‐bhuHS] [‐t in.refList] [‐o output] [‐f reqFlag] [‐F skipFlag] [‐q minMapQ] [‐l library] [‐r read‐Group] | [region1 [...]],提取/打印...
使用bwa,hisat2等比对软件,常会得到sam文件,此文是对多个sam转化/排序/建立index的命令 vim sam2bam.sh#按一下i进入编辑模式,写入以下内容!/bin/bashforiinY51015cold-1Y51015cold-2#sam文件的名字dosamtools view-@30-bS ${i}.sam|samtools sort-@30-o ${i}.sort.bam $#转化并排序done ...