samtools sort manual:http://www.htslib.org/doc/samtools-sort.html samtools index manual:http://www.htslib.org/doc/samtools-index.html samtools Tutorial:http://quinlanlab.org/tutorials/samtools/samtools.html 完。
转换sam为bam用到samtools view 命令 接下来是sort和index bam文件,分别用到samtools sort 和 samtools index sort的时候可能因为samtools的版本不一样重复原文命令会遇到报错,需要我们自己加上一个 -o 参数指定输出文件 现在有了bam文件和参考基因组,试着将比对结果可视化一下,用到IGV 通过2导入参考基因组fasta文件,...
samtools view-@30-bSY51015cold-3.sam|samtools sort-@30-oY51015cold-3.sort.bam#最后一个文件单独运行,不要加$foriinY51015cold-1Y51015cold-2Y51015cold-3#sam文件的名字dosamtools index-@30${i}.sort.bam $ done# 按:wq退出## bash sam2bam.sh 运行脚本### 所以要分两次循环,是因为要全部s...
# tmp.bam 按照序列名称排序,并将结果输出到tmp.sort.bam samtools sort -n tmp.bam -o tmp.sort.bam samtools view tmp.sort.bam 3.samtools index 必须对bam文件进行默认情况下的排序后,才能进行index。否则会报错。建立索引后将产生后缀为.bai的文件,用于快速的随机处理。很多情况下需要有bai文件的存在,特别...
samtools index d0_sort.bam BWA本身不直接输出BAM文件。它通常输出SAM格式的文件,用于存储序列比对结果。但是SAM文件比较占用空间,为了得到BAM格式的文件(一种更紧凑的二进制格式),通常通道符叠加使用samtools 将BWA的输出从SAM格式转换为BAM格式 ##和bwa联用示例 ...
Usage: samtools sort [options...] [in.bam] Options: -l INT Set compression level, from 0 (uncompressed) to 9 (best) -m INT Set maximum memory per thread; suffix K/M/G recognized [768M] -n Sort by read name -t TAG Sort by value of TAG. Uses position as secondary index (or ...
注意 :使用此命令之前必须先samtools index。 Options: -a 输出所有位点,包括零深度的位点;-a –a,--aa 完全输出所有位点,包括未使用到的参考序列; -b FILE 计算BED文件中指定位置或区域的深度; -f FiLE 使用在FILE中的指定bam文件; -I INT 忽略掉小于此INT值的reads; -q INT 只计算碱基质量值大于此值...
samtools index d0_sort.bam BWA本身不直接输出BAM文件。它通常输出SAM格式的文件,用于存储序列比对结果。但是SAM文件比较占用空间,为了得到BAM格式的文件(一种更紧凑的二进制格式),通常通道符叠加使用samtools 将BWA的输出从SAM格式转换为BAM格式 代码语言:javascript ...
Hi, I just finished mapping some reads to a large reference genome (>10Gb) with bowtie2 and used samtools to process the sam files to bam file: samtools view -bh@ 15 in.sam | samtools sort -T in.tmp -@ 15 -o out.sorted.bam - samtools ind...
Usage: samtools index <in.bam> [out.index] 例子: 以下两种命令结果一样$ samtools index abc.sort.bam $ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai 5. faidx 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 ...