● input.sam:输入的 sam 文件。 samtools的sort功能可以将基因组比对文件中的每一条read按照染色体标号(或者是contig标号)以及位置升序排列。只有排序之后的bam文件才能够进行索引。 samtools sort -o sorted_output.bam input.bam ● samtools sort:排序 bam 文件。 ● -o sorted_output.bam:指定输出文件名。 ●...
使用一 : 对bam文件进行排序 samtools sort -o output.bam input.bam: 按默认方式排序并输出为bam samtools sort -n -o output.bam input.bam: 按read name进行排序并输出为bam samtools sort
sort命令的输出默认是标准输出写入,或者使用-o参数时,指定bam文件输出名。sort命令还会在内存不足时创建临时文件tmpprefix.%d.bam Usage:samtools sort [-l level] [-m maxMem] [-o out.bam] [-O format] [-n] [-T tmpprefix] [-@ threads] [in.sam|in.bam|in.cram] Options: -m设置每个线程运行...
samtools sort-@4d0.sam-o./d0_sort.bam-T#设置临时文件前缀,将临时文件写入PREFIX.nnnn.bam(排序过程中会产生好多临时文件)-@#定义命令执行所用的n个线程(排序和压缩)-o #将最终排序输出写入FILE,而非标准输出,设定排序后的输出文件名-O#将最终输出写为sam、bam或cram格式(文件名后缀也可以自动识别)-m #...
Samtools sort支持多种参数设置,用于指定输入输出文件、排序方式、线程数、内存使用等。 3.1基本参数 -i输入文件:指定输入的SAM或BAM格式文件。例如,-i input.bam。 -o输出文件:指定输出的SAM或BAM格式文件。例如,-o output.bam。 3.2排序方式参数 -n按名称排序:以序列名称(chromosome name)为基础排序。 -t tagn...
samtoolsview-b-h-F0x04-q10input.sam>output.bamsamtoolssortoutput.bam-ooutput_sorted.bamsamtoolsindexoutput_sorted.bam 第一行代码: samtools:命令行工具的名称。 view:命令选项,用于查看SAM文件中的reads。 -b:将输出格式设置为BAM格式。 -h:保留BAM文件中的头部信息。
sort命令格式如下: samtools sort [-llevel] [-mmaxMem] [-oout.bam] [-Oformat] [-n] [-Ttmpprefix] [-@threads] [in.sam|in.bam|in.cram] 参数: -l INT 设置输出文件压缩等级。0-9,0是不压缩,9是压缩等级最高。不设置此参数时,使用默认压缩等级; ...
samtools sort test.bam -o test.sort.bam 3、index 主要功能:对bam文件建立索引,但在此之前必须进行排序(sort),生成后缀是.bai的文件。 参数释义: -b:创建一个.bai格式的索引文件(默认) -c:创建.csi格式的索引文件 -m:创建.csi文件,索引的最小间隔值 ...
sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间。 -n 设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即head...
sort命令的输出默认是标准输出写入,或者使用-o参数时,指定bam文件输出名。sort命令还会在内存不足时创建临时文件tmpprefix.%d.bam Options: -m 设置每个线程运行时的内存大小,可以使用K,M和G表示内存大小。默认下是 500,000,000 即500M。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间。 -n 设置按照...