将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、BAM或CRAM格式)中的所有对齐打印到SAM格式的...
只能对bam文件进行sort, 不能对sam文件。 samtools sort aln.bam anl.sorted 默认是根据coordinate进行sort, 如果输入bam文件为in.bam , 则输出文件名为in.sorted.bam 如果要按照read name进行sort, 需要加-n, 如heseq-count 就要求文件时按照read name 而不是coordinate。 samtools sort -n aln.bam anl.sorte...
一、安装Samtools sort 安装Samtoolssort前,首先需要安装Samtools。Samtools是一个处理SAM/BAM格式文件的一套基本的命令行工具,包括文件格式转换、排序、索引、过滤等常用功能。因此,Samtools sort也是基于Samtools的功能扩展而来,所以安装Samtools是必须的前置步骤。 1.1安装Samtools Samtools的安装方式有多种,包括源代码安装、...
利用minimap2将nanopore测序数据与参考序列比对得到的sam之后,需要对sam文件行处理,主要包括排序与建立索引。排序主要是依据参考序列位点进行排序。 #samtools处理 samtools sort -@ 4 -O bam -o s0137.sorted.bam s1037.sam samtools index s0137.sorted.bam samtools faidx co92.fna 为什么不直接输出排序后的bam ...
| samtools sort -@ 4 -m 1G -o ~/sam_test/bwa_bam/d0_sort.bam - 为什么要转换为bam文件 BAM是一种压缩的二进制格式,占用更少的存储空间;同时由于其压缩性质,BAM文件在数据检索时通常比SAM文件更高效。 ##简单对比感受一下sam和bam占用存储空间大小的差别 ...
sort 代码语言:javascript 复制 samtools sort-@4d0.sam-o./d0_sort.bam-T#设置临时文件前缀,将临时文件写入PREFIX.nnnn.bam(排序过程中会产生好多临时文件)-@#定义命令执行所用的n个线程(排序和压缩)-o #将最终排序输出写入FILE,而非标准输出,设定排序后的输出文件名-O#将最终输出写为sam、bam或cram格式(文...
应用场景：比对软件产生的序列通常是随机的。然而，比对后的分析步骤通常要求sam/bam文件被进一步处理，例如在IGV查看比对结果时，常需要输入的bam文件已经被index。因此，本文将介绍samtools sort和samtools index命令。samtools sort：假设我们有一个bam文件，可以通过以下命令对其排序。为了省去安装等复杂步骤...
使用samtools工具处理sam或bam文件，可以执行如转换文件格式、排序、合并lane数据、添加头部信息等操作。例如，通过`samtools view -o output.sam input.sam`可以进行格式转换，`samtools sort input.sam -o sorted.bam`用于排序，`samtools index sorted.bam`则用于建立索引。尽管比对工具可以直接输出排序和...
使用bwa,hisat2等比对软件,常会得到sam文件,此文是对多个sam转化/排序/建立index的命令 vim sam2bam.sh#按一下i进入编辑模式,写入以下内容!/bin/bashforiinY51015cold-1Y51015cold-2#sam文件的名字dosamtools view-@30-bS ${i}.sam|samtools sort-@30-o ${i}.sort.bam $#转化并排序done ...
sort命令格式如下: samtools sort [-llevel] [-mmaxMem] [-oout.bam] [-Oformat] [-n] [-Ttmpprefix] [-@threads] [in.sam|in.bam|in.cram] 参数: -l INT 设置输出文件压缩等级。0-9,0是不压缩,9是压缩等级最高。不设置此参数时,使用默认压缩等级; ...