将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、BAM或CRAM格式)中的所有对齐打印到SAM格式的...
只能对bam文件进行sort, 不能对sam文件。 samtools sort aln.bam anl.sorted 默认是根据coordinate进行sort, 如果输入bam文件为in.bam , 则输出文件名为in.sorted.bam 如果要按照read name进行sort, 需要加-n, 如heseq-count 就要求文件时按照read name 而不是coordinate。 samtools sort -n aln.bam anl.sorte...
根据fasta文件,将header加入到sam或bam文件中 $ samtools sort sample.bam sample.sort.bam 排序,按序列在fasta中的顺序排序 $ samtools merge out.bam in1.bam in2.bam in3.bam 将bam文件合并并排序 $ samtools index sample.sort.bam 生成索引,产生.bai文件,用于快速检索reads,必须进行排序后再index。tview...
Samtools sort支持的输入格式为SAM或BAM格式文件,其中,SAM文件可以是纯文本文件或压缩文件,BAM文件则是二进制格式文件。输出格式与输入格式相同,可以指定为SAM或BAM格式,并支持压缩输出。以下是Samtools sort支持的输入输出格式: 输入格式: - SAM文本格式文件 - SAM压缩格式文件(.sam.gz) - BAM格式文件 输出格式: ...
● samtools view -S -b:将 sam 文件转换为 bam 格式。 ● -o output.bam:指定输出的 bam 文件名。 ● input.sam:输入的 sam 文件。 samtools的sort功能可以将基因组比对文件中的每一条read按照染色体标号(或者是contig标号)以及位置升序排列。只有排序之后的bam文件才能够进行索引。
3⃣️ 提取bam文件中比对到chr3的结果,并以sam文件保存:samtools view file.bam chr3 > chr.sam 2、sort 用法:samtools sort [-n] [-m] <in.bam> <out.bam> -m 内存参数默认下500,000,000 即500M(不支持M,G等缩写) -n 设定排序方式按short reads 的ID排。默认按照fasta在文件中的顺序 ...
-h是将bam文件中的 header也加入到sam文件 中。 比如htseq-count老版本只接受sam文件 注意 指查看染色体一上的第33667个碱基。只能对 bam文件 进行sort, 不能对sam文件。假如in1.bam, in2.bam, in3.bam是某个某样本的三个重复，我们可以将他们合并为一个bam文件。如果想对 部分合并 ，如至合并...
samtools 输入bam文件,导出sam文件。同时可以进行排序,合并,建立索引等功能,并支持从特定区域内查找reads。 samtools 可以应用于linux的命令管道里。以“-”作为标准输入或输出。 view 从bam/sam文件中提取/打印部分比对结果。默认为所有的区域,也可以染色体区域(1-based,须sort并index)。
vim sam2bam.sh#按一下i进入编辑模式,写入以下内容!/bin/bashforiinY51015cold-1Y51015cold-2#sam文件的名字dosamtools view-@30-bS ${i}.sam|samtools sort-@30-o ${i}.sort.bam $#转化并排序done samtools view-@30-bSY51015cold-3.sam|samtools sort-@30-oY51015cold-3.sort.bam#最后一个文件...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 ...