将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、BAM或CRAM格式)中的所有对齐打印到SAM格式的...
只能对bam文件进行sort, 不能对sam文件。 samtools sort aln.bam anl.sorted 默认是根据coordinate进行sort, 如果输入bam文件为in.bam , 则输出文件名为in.sorted.bam 如果要按照read name进行sort, 需要加-n, 如heseq-count 就要求文件时按照read name 而不是coordinate。 samtools sort -n aln.bam anl.sorte...
samtools sort -@ 2 -o ${outdir}/${sample}.sort.bam ## 建索引 samtools index d0_sort.bam BWA本身不直接输出BAM文件。它通常输出SAM格式的文件,用于存储序列比对结果。但是SAM文件比较占用空间,为了得到BAM格式的文件(一种更紧凑的二进制格式),通常通道符叠加使用samtools 将BWA的输出从SAM格式转换为BAM格...
利用minimap2将nanopore测序数据与参考序列比对得到的sam之后,需要对sam文件行处理,主要包括排序与建立索引。排序主要是依据参考序列位点进行排序。 #samtools处理 samtools sort -@ 4 -O bam -o s0137.sorted.bam s1037.sam samtools index s0137.sorted.bam samtools faidx co92.fna 为什么不直接输出排序后的bam ...
Sort to positional order Mark duplicates (part 2: marking) Convert to final file format 1.1.1 Mapping: 作者以minimap2为例,但无论哪种方式或软件,生成SAM文件即可: minimap2 -t 8 -a -x sr C.Elegans.fa SRR065390_1.fastq SRR065390_2.fastq -o CE.sam ...
-o FILE# 设置最终排序后的输出文件名; -O FORMAT# 设置最终输出的文件格式,可以是bam,sam或者cram,默认为bam; -T PREFIX# 设置临时文件的前缀; -@ INT#设置排序和压缩的是线程数量,默认是单线程。 # tmp.bam 按照序列名称排序,并将结果输出到tmp.sort.bam ...
将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out.bam> <in1.bam> <in2.bam>[...] Options: -n sort by read names -r attach RG tag (inferred from file names) ...
samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因...
-o FILE# 设置最终排序后的输出文件名; -O FORMAT# 设置最终输出的文件格式,可以是bam,sam或者cram,默认为bam; -T PREFIX# 设置临时文件的前缀; -@ INT#设置排序和压缩的是线程数量,默认是单线程。 # tmp.bam 按照序列名称排序,并将结果输出到tmp.sort.bam ...
sort sort alignment file split splits a file by readgroupquickcheck quickly checkifSAM/BAM/CRAMfile appears intact fastq converts aBAMto aFASTQfasta converts aBAMto aFASTAimportConvertsFASTAorFASTQfiles to SAM/BAM/CRAM--Statisticsbedcov read depth perBEDregion ...