将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、BAM或CRAM格式)中的所有对齐打印到SAM格式的...
只能对bam文件进行sort, 不能对sam文件。 samtools sort aln.bam anl.sorted 默认是根据coordinate进行sort, 如果输入bam文件为in.bam , 则输出文件名为in.sorted.bam 如果要按照read name进行sort, 需要加-n, 如heseq-count 就要求文件时按照read name 而不是coordinate。 samtools sort -n aln.bam anl.sorte...
Samtools sort支持的输入格式为SAM或BAM格式文件,其中,SAM文件可以是纯文本文件或压缩文件,BAM文件则是二进制格式文件。输出格式与输入格式相同,可以指定为SAM或BAM格式,并支持压缩输出。以下是Samtools sort支持的输入输出格式: 输入格式: - SAM文本格式文件 - SAM压缩格式文件(.sam.gz) - BAM格式文件 输出格式: ...
-o:输出结果文件 -O:输出文件格式 -@:线程数目 --reference:参考序列 案例一:sam和bam格式转换 samtools view -Sb -o A1.bam /ifs1/Sequencing/A1.sam 案例二:排序 samtools sort -@ 4 -m 12G -O bam -o A1.sorted.bam A1.bam 案例三:建立索引 samtools faidx ref.fna samtools index A1.sorted...
2.Sort 对bam文件进行排序 基本用法: samtools sort -@ 10 -o test.bam test.sam -@ 设置排序和压缩是的线程数量,默认是单线程。-o 输出文件名 3.Merge 当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。Merge命令将多个已经排序后的bam文件合并成为一个排序的且保持...
$ samtools view -b celegans.sam > celegans_copy.bam 使用-h参数将header引入才可以转换回sam文件以供手动检查。 $ samtools view -h celegans.bam > celegans_copy.sam 二、samtools分析指南 SAMtools Sort and Index排序以及建立索引以便更快的比对分析: ...
sort用于对文件进行排序 index生成索引文件 view主要用途有两个 ,一是文件SAM和BAM之间的格式转换 ,二是查看二进制文件 stats:生成关于比对数据的统计信息,如测序覆盖度、比对质量等 faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 ...
samtools sort SRR00000.bam -o SRR00000_sorted.bam 对排序后文件建立索引 samtools index SRR00000_sorted.bam 通常以上的三个步骤是依次进行 2、格式转换 sam -> bam samtools view -S SRR00000.sam -b > SRR00000.bam ...
使用samtools工具处理sam或bam文件，可以执行如转换文件格式、排序、合并lane数据、添加头部信息等操作。例如，通过`samtools view -o output.sam input.sam`可以进行格式转换，`samtools sort input.sam -o sorted.bam`用于排序，`samtools index sorted.bam`则用于建立索引。尽管比对工具可以直接输出排序和...
-h是将bam文件中的 header也加入到sam文件 中。 比如htseq-count老版本只接受sam文件 注意 指查看染色体一上的第33667个碱基。只能对 bam文件 进行sort, 不能对sam文件。假如in1.bam, in2.bam, in3.bam是某个某样本的三个重复，我们可以将他们合并为一个bam文件。如果想对 部分合并 ，如至合并...