samtools view abc.sort.bam | less -S 2、samtools还有个非常重要的命令mpileup，以前为pileup。该命令用于生成bcf文件，再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。bcftools是samtool中附带的软件，在samtools的安装文件夹中可以找到。最常用的参数有2： -f 来输入有索引文件的fasta参考序列； -g 输出到bcf...
一、安装Samtools sort 安装Samtoolssort前,首先需要安装Samtools。Samtools是一个处理SAM/BAM格式文件的一套基本的命令行工具,包括文件格式转换、排序、索引、过滤等常用功能。因此,Samtools sort也是基于Samtools的功能扩展而来,所以安装Samtools是必须的前置步骤。 1.1安装Samtools Samtools的安装方式有多种,包括源代码安装、...
总结：关于samtools的介绍到此告一段落，samtools sort用于对bam文件进行排序，samtools index用于对排序后的bam文件进行index，以便后续的分析步骤。ref六：sixbox：sixoclock.net/support-c... samtools-sort.cwl：sixoclock.net/apps/caea... samtools-index.cwl：http://www.sixoclock.net/applicatio...
view命令的主要功能是:将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。 bam文件优点:bam文件为二进制文件,占用的磁盘空间比sam文本文件小;利用bam二...
-n sort by read names。设定输入比对文件是以read名进行排序的而不是以染色体坐标排序的; -R STR merge file in the specified region STR [all]。合并输入文件的指定区域; -r attach RG tag (inferred from file names)。使RG标签添加到每一个比对文件上,标签值来自文件名; -u uncompressed BAM output。
usage: samtools sort [-l level] [-m maxMem] [-o out.bam] [-O format] [-n] [-T tmpprefix] [-@ threads] [in.sam|in.bam|in.cram] 例如:samtools sort abc.bam abc.sort samtools sort -O bam -@ 2 SRR1909070.bam -o SRR1909070.sorted.bam RNA-seq 的数据比对结果 BAM 文件使用 sa...
samtools view -c -c print only the count of matching records;统计比对条数;结果等于samtools flagstat的总reads条数。 # 单端比对reads数目的统计 cuiqingmei 2019/10/09 10:57:10 /ifs9/BC_PS/cuiqingmei/ass/3.mapping/result_bam $ samtools view -c CL100141207_L01_69.sort.bam 31504107 cuiqingme...
Switch to using splaysort in bam_lpileup. (#1548) Dec 8, 2021 bam_lpileup.h Make tview (and bits of pileup) work with 64 bit positions Oct 30, 2019 bam_markdup.c Change how markdup looks for single reads. (#2119) Oct 8, 2024 ...
samtools sorttmp1.bam tmp1.sorted samtoolsindex tmp1.sorted.bam samtools mpileup -d 1000 -gSDf ../../../ref-database/hg19.fa tmp1.sorted.bam |bcftools view -cvNg – >tmp1.vcf 因为这个软件都是与bwa和bowtie等能产生sam文件的软件合作才能使用。
-n 输入文件是以读段名称排序的,而非染色体定位(当sort中使用-n选项时,此处应该选-n)。 5)samtools index 对排序后的序列索引,用于快速的随机处理,此处将产生.bai文件。 6)samtools faidx [region1 [...]],对FASTA格式的参考基因组序列建立索引或者提取已经索引的序列中的子序列(subsequence)。如果没有指定区...