比对完成之后需要使用 samtools 进行排序,那我们就可以继续写下一个规则: rule sort: input: "mapped/{sample}.bam" output: "mapped/{sample}.sorted.bam" shell: "samtools sort -o {output} {input}" 08 建立索引 rule samtools_index: input: "mapped/{sample}.bam" output: "mapped/{sample}.bam.ba...
或者使用samtools sort命令对SAM文件进行排序,并转换为BAM格式: bash samtools sort output.sam -o output.bam 最后,你可以使用各种生物信息学工具进一步分析这些比对结果,如检测变异、计算覆盖度等。 希望这些信息能帮助你成功地在conda环境中使用bowtie2进行序列比对分析。如果有任何进一步的问题或需要更详细的指导,...
添加sort规则 #添加sort 规则rule sort:input:"mapped/{sample}.bam"output:"mapped/{sample}.sorted.bam"shell:"samtools sort -o {output} {input}" 添加索引规则· rule samtools_index:input:"mapped/{sample}.sorted.bam"output:"mapped/{samle}.sorted.bam.bai"shell:"samtools index {input}" 添加call...
Samtools 在conda的bio环境的lib目录下,找不到libbz2.so.1.0 和libcrypto.so.1.0.0。 检查anaconda的lib目录,发现两个库文件都在。 在bio环境的lib目录下,创建两个软链接。 ln -s ~/anaconda3/lib/libbz2.so.1 ~/anaconda3/envs/bio/lib/libbz2.so.1.0 ln -s ~/anaconda3/lib/libcrypto.1.1 ~/ana...
samtools sort-@3-o SRR1039508.Hisat_aln.sorted.bam SRR1039508.Hisat_aln.sam samtools:errorwhileloading shared libraries:libtinfow.so.5:cannotopensharedobjectfile:No such fileordirectory 到这里就开始离奇报错,以我多次考六级的经验就是缺了一个叫libtinfow.so.5的文件,百度了一下竟然就完整的解决方法htt...
samtools sortgives "[E::hts_open_format] Failed to open file ... : File exists" for temporary files it creates#1739 Closed jkbonfieldmentioned this issueNov 20, 2023 samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.10: cannot open shared object file: No such file or directory...
base_config - SAMTOOLS_CONVERT found in conf/base.config and Nextflow scripts. base_config - GATK4_MERGEVCFS found in conf/base.config and Nextflow scripts. base_config - MULTIQC found in conf/base.config and Nextflow scripts. nfcore_yml - Repository type in .nf-core.yml is valid: pipeli...
OpenAI Gym是学习和开发强化学习算法的好地方。它提供了许多有趣的游戏（所谓的“环境”），你可以将...
下面的程序将输出hello.txt文件的内容： $ cat hello.txt cat命令常被用作组合多个文件，下面的命令将...
- samtools - multiqc - fastqc prefix: /ceph/project/ancestryhca/ccohen/mamba_installation/conda/envs/cribbslab 224 changes: 224 additions & 0 deletions 224 ccb/cribbslab/cribbslab_list_explicit.txt Load diff Large diffs are not rendered by default. 227...