conda install samtools=x.y.z 其中x.y.z是您想要安装的samtools版本号。 处理samtools在conda中不可用的情况 如果conda search samtools没有返回任何结果,说明samtools可能不在conda的默认channels中。您可以尝试添加其他channels,比如bioconda,它专门用于生物信息学相关的软件包: 首先,添加bioconda和conda-forge channe...
condainstallbwa -y condainstall-c bioconda bowtie2 -y condainstallsamtools -y condainstall-c bioconda picard -y condainstall-c bioconda bedtools -y condainstall-c bioconda snpeff -y condainstall-c bioconda bcftools -y condainstall-c bioconda freebayes -y condainstall-c bioconda varscan -y co...
samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory
conda install bwa -y 下一步安装软件可以先去bioconda官方网站https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes查看相应版本等 可以进行搜索,比如samtools,可以看到其很多版本,目前最高1.9(7/24/2018 4:23:35 PM ) 返回command line conda install samtools=1.9 -y 再安装一次1.8,看conda如何处理不同的版本。
Conda下载安装软件指定版本,-y 参数的作用是忽略提示。 注:软件都要安装在小环境中,不要安装在 base里, 首先要用conda激活小环境。 ##在小环境里安装软件 # 激活环境 conda activate rna ##安装samtools ##conda install -y samtools ##安装成功一般会出现三个done, ##有时候因为一些问题安装不成功,去channel...
conda install -y trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp ##作为新手,建议一个个软件安装,有时候软件之间会出现冲突,conda不能解决软件之间的冲突问题。 建议初学者安装软件,单个软件安装,如果批量安装软件,出现报错,解决就比较麻烦。
conda install -c bioconda bowtie2 -y conda install samtools -y conda install -c bioconda picard -y conda install -c bioconda bedtools -y conda install -c bioconda snpeff -y conda install -c bioconda bcftools -y conda install -c bioconda freebayes -y ...
$ conda install-y samtools samtools which samtools #/home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/samtools 写在最后的小技巧 1 如果我不知道我是不是安装过该软件,怎么办? 树曰: 那就在运行一次安装呗,没关系,比如conda install -y htseq,结果如下,会出现“# All requested packages already installed.”。说明...
conda create -n atac -y python=2bwa 其中最常用的samtools却总是报错,安装方法如下: conda activate atac conda install -y samtools 报错如下: samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory ...
mamba install fastqc #查看软件之间相互依赖关系 我依靠谁? mamba repoquery depends -t samtools 谁依赖我 mamba repoquery whoneeds -t python 版本控制和迁移 方法一:用conda list的export功能 导出环境中安装的包的列表 conda list -n rnaseq --export > conda_rnaseq_list.txt ...