$ conda install samtools 退出conda $ conda deactivate 在conda环境下安装的软件在退出conda后无法使用,可以通过为软件创建软连接的方式解决: “ 卖萌哥” 提供的解决方案: 环境操作 $ conda create --name env python=2.7 ## 创建一个名为‘env’的python版本为2.7的环境 $ conda create --name clone --clo...
conda install bwa -y 下一步安装软件可以先去bioconda官方网站https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes查看相应版本等 可以进行搜索,比如samtools,可以看到其很多版本,目前最高1.9(7/24/2018 4:23:35 PM ) 返回command line conda install samtools=1.9 -y 再安装一次1.8,看conda如何处理不同的版本。
关于conda 的安装相关选项可可以参考:https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/commands/install.html 代码语言:javascript 复制 # 安装 fastqc 软件 conda install fastqc # 调出帮助文档 fastqc--help # 可以一次安装多个软件 conda install-y sra-tools trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon...
conda install bwa-y 下一步安装软件可以先去bioconda官方网站https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes查看相应版本等 可以进行搜索,比如samtools,可以看到其很多版本,目前最高1.9(7/24/2018 4:23:35 PM ) 返回command line 代码语言:javascript 复制 conda install samtools=1.9-y 再安装一次1.8,看conda...
conda create -n transcriptome samtools multiqc rseqc # 如果还想继续安装 conda install -n transcriptome fastqc salmon star stringtie sra-tools trimmomatic rmats rmats2sashimiplot # 启动新环境 source activate transcriptome salmon -h # 默认安装到了anaconda_path下面的envs/transcriptome目录下(在屏幕输出也会...
conda create -n transcriptome samtools multiqc rseqc # 如果还想继续安装 conda install -n transcriptome fastqc salmon star stringtie sra-tools trimmomatic rmats rmats2sashimiplot # 启动新环境 source activate transcriptome salmon -h # 默认安装到了anaconda_path下面的envs/transcriptome目录下(在屏幕输出也会...
#环境中安装samtoolsmultiqcrseqc condacreate-ntranscriptomesamtoolsmultiqcrseqc #如果还想继续安装 condainstall-ntranscriptomefastqcsalmonstarstringtiesra-toolstrimmomaticrmatsrmats2sashimiplot #启动新环境 sourceactivatetranscriptome salmon-h #默认安装到了anaconda_path下面的envs/transcriptome目录下(在屏幕输出也会有显...
$ condaenvremove -n biosoft#删除不用的独立环境$ condaenvlist#conda列出已有环境 $ conda config --setauto_activate_basefalse#conda关闭自动激活base环境,也可使用true重新打开$ conda search augustus#conda搜索安装包$ conda install samtools,vcftools#使用conda一次安装多个软件包$ conda install --file=pkgs....
ln -s */Software/Miniconda/envs/work/bin/samtools ./ #软连接已安装软件 vim ~/.bashrc # 添加路径到自己的环境变量中 source ~/.bashrc # 初始化自己的环境变量 1. 2. 3. 4. conda环境迁移 # 导出 environment.yml 文件: conda env export > environment.yml ...
conda env list#删除某个环境(名为name的环境)conda remove -n name --all conda 批量安装软件: 可以添加 -y 选项,不需要手动确认直接安装,可以以将下面的代码存储到一格sh文件中,批量运行安装; conda install -y Kallistoconda install -y FastQCconda install -y Picardconda install -y Flexbarconda install...