将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、BAM或CRAM格式)中的所有对齐打印到SAM格式的...
$ samtoolssortabc.bam abc.sort#注意 abc.sort是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam $ samtools view abc.sort.bam|less-S $ samtoolssort-l9-m 90M-o abc.sorted.bam-Tsorted-@2abc.bam 3.merge 当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。。Merge命...
$ samtools sort abc.bam abc.sort###注意 abc.sort 是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam$ samtools view abc.sort.bam | less -S 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out....
$ samtools sort abc.bam abc.sort###注意 abc.sort 是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam$ samtools view abc.sort.bam | less -S 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out....
-n 设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点排序。 1. 2. 3. 例子: $ samtools sort abc.bam abc.sort ###注意 abc.sort 是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam $ samtools view abc.sort.bam | less -S ...
sort用于对文件进行排序 index生成索引文件 view主要用途有两个 ,一是文件SAM和BAM之间的格式转换 ,二是查看二进制文件 stats:生成关于比对数据的统计信息,如测序覆盖度、比对质量等 faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 ...
默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点排序。 例子: $ samtools sort abc.bam abc.sort###注意 abc.sort 是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam $ samtools view abc.sort.bam | less -S 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件...
samtools sort Usage: samtools sort [options...] [in.bam] Options: -l INT Set compression level, from 0 (uncompressed) to 9 (best) -m INT Set maximum memory per thread; suffix K/M/G recognized [768M] -n Sort by read name -t TAG Sort by value of TAG. Uses position as secondary...
-n 设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点排序。 例子: $ samtools sort abc.bam abc.sort $ samtools view abc.sort.bam | less -S 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了...
1.samtoolsview samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式 ...