将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、BAM或CRAM格式)中的所有对齐打印到SAM格式的...
$ samtoolssortabc.bam abc.sort#注意 abc.sort是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam $ samtools view abc.sort.bam|less-S $ samtoolssort-l9-m 90M-o abc.sorted.bam-Tsorted-@2abc.bam 3.merge 当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。。Merge命...
$ samtools sort abc.bam abc.sort###注意 abc.sort 是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam$ samtools view abc.sort.bam | less -S 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out....
samtools index-@2d0_sort.bam samtools index-b-@2d0_sort.bam samtools index-b-@2d0_sort.bam-o d0_sort.bam.bai-b #对bam文件生成BAI-format的索引,系统默认-c #对bam文件生成CSI-format的索引-@ #设定线程数-o #将输出索引写入FILE。仅在索引单个比对文件时可用 view 主要用于将SAM、BAM或CRAM格式...
-n 设定排序方式按short reads的ID排序。默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点排序。 1. 2. 3. 例子: $ samtools sort abc.bam abc.sort ###注意 abc.sort 是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam $ samtools view abc.sort.bam | less -S ...
默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点排序。 例子: $ samtools sort abc.bam abc.sort###注意 abc.sort 是输出文件的前缀,实际输出是 abc.sort.bam $ samtools view abc.sort.bam | less -S 3.merge 将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件...
1.SAM(sequence Alignment/mapping)数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式,当然他可以用于存放未比对的数据 2.AMTools的主要功能如下: view: BAM-SAM/SAM-BAM 转换和提取部分比对 sort: 比对排序 merge: 聚合多个排序比对
1.samtoolsview samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式 ...
$ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2. sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m] -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间。
建立索引后将产生后缀为.bai的文件,用于快速的随机处理。很多情况下需要有bai文件的存在,特别是显示序列比对情况下。比如samtool的tview命令就需要;gbrowse2显示reads的比对图形的时候也需要。 例子: 以下两种命令结果一样$ samtools index abc.sort.bam$ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai ...