$ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam提取比对到参考序列上的比对结果$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可$ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam提取没有比对到参考序列上的比对...
$ samtools view-b-Slane.bam-o lane.sam samtools view-hNA12878.bam>NA12878_2.sam (2)提取比对到参考序列上的比对结果 F $ samtools view-bF4lane.bam>lane.F.bam (3)提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view-bF12lane.bam...
samtools view-bf4test.bam>test.f.bam 双端reads都比对到参考基因组上的数据 samtools view-bF12test.bam>test.12.bam ## 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可,但其实我们双端测序的数据是需要取PEmap到同一个fragment的reads samtools view-bf2te...
-T FLOAT MAQ一致性检测模式的theta参数[0.85](错误依赖系数) -N INT样本中的单倍型数量[默认2,要求>=2] -r FLOAT 每一对单倍体之间期望的片段差异值[0.001] -I(i) INT 序列中插入缺失的Phred概率[40] 8)samtools tview [ref.fasta],文本定位查看器,在查看器中,使用?取得帮助,按下g从一个区域开始位...
~/.bashrc 5.运行:samtoolssamtools常用命令详解1.viewview命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能...对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等,结合sam格式中的flag、tag等信息,还可以完成比对结果的统计汇总,是处理sam和bam文件不可或缺的...
包含有许多命令,我这里主要介绍几个: samtools官网:http://www.htslib.org/ 一、软件安装使用conda安装 conda install samtools 二、Samtools...的用法 1.samtools view samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件...
samtools view-b-S-o eg2.bam eg2.sam -b指定输出格式为BAM(indicates that the output is BAM)-S指定输入格式为SAM(indicates that the input is SAM)-o指定输出文件名(specifies the name of the output file) 代码语言:javascript 复制 samtools sort eg2.bam-o eg2.sorted.bam ...
1 view 作用 查看sam文件(sam 格式转bam) 格式 $ samtools view [options] <输入bam文件> 主要参数 -b:以bam格式输出 -u:以未压缩的bam格式输出,一般与linux命令配合使用 -h:在sam输出中包含header信息 -H:只输出header信息 -f [INT]:只输出在比对flag中包含该整数的序列信息 ...
$samtools view -@ 8 -bh -q 30 test.bam -o test.q30.bam -q参数只输出MAPQ(比对质量)大于等于该值的序列,上述命令过滤了MAPQ小于30的序列 根据FLAG过滤 另外,通过-f和-F参数,我们可以根据FLAG的值过滤序列。两者的区别在于: -f:保留该flag值的序列(相当于grep) ...